PDB-4imk: Uncrossed Fab binding to human Angiopoietin 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4imk

タイトル

Uncrossed Fab binding to human Angiopoietin 2

要素

Heavy Chain
Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) / antigen-binding fragment (Fab) /

human Angiopoietin 2 (アンジオポエチン)

機能・相同性

抗体 /

Immunoglobulin-like /

サンドイッチ / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.202 Å

データ登録者

Fenn, S. / Schiller, C. / Griese, J.J. / Hopfner, K.-P. / Kettenberger, H.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of an Anti-Ang2 CrossFab Demonstrates Complete Structural and Functional Integrity of the Variable Domain.
著者: Fenn, S. / Schiller, C.B. / Griese, J.J. / Duerr, H. / Imhof-Jung, S. / Gassner, C. / Moelleken, J. / Regula, J.T. / Schaefer, W. / Thomas, M. / Klein, C. / Hopfner, K.P. / Kettenberger, H.

履歴

登録	2013年1月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年5月22日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4imk.cif.gz	355 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4imk.ent.gz	300.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4imk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/4imk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/4imk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4imlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kuz-d 1zea-d 1aif-1 3c5s-2 5dlm-2 4mhj-6 5mp3-1 2aj3-2 1ai1-d 5ewi-d 6tcn-2 5mx3-2 5mp3-2 1aif-2 6tcq-d 5b4m-1 1wcb-1 3hmw-d 3mnv-2 3rvt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Heavy Chain

B: Heavy Chain

C: Light Chain

D: Light Chain

ヘテロ分子

98.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Heavy Chain

D: Light Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Heavy Chain

C: Light Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.969, 86.670, 205.813
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
抗体 , 2種, 4分子 ABCD

#1: 抗体	Heavy Chain 分子量: 24771.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	Light Chain / 分子量: 24261.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 4種, 323分子

#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 15%(w/v) PEG4000, 0.1 M Tri-Na-citrate, 15%(v/v) isopropanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.2→46.761 Å / Num. obs: 60561

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.202→46.761 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 2 / 位相誤差: 26.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2257	3029	5 %
R_work	0.199	-	-
obs	0.2003	60561	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.202→46.761 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6690	0	18	319	7027

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	6882
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.824	9368
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.732	2444
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1033
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1207

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2015-2.2359	0.3274	130	0.313	2454	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2359-2.2726	0.3684	137	0.2811	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2726-2.3118	0.3153	133	0.2655	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3118-2.3538	0.296	139	0.2603	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3538-2.3991	0.3148	135	0.2662	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3991-2.448	0.2941	137	0.2487	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.448-2.5013	0.3049	134	0.2574	2555	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5013-2.5595	0.3377	137	0.2424	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5595-2.6235	0.2782	137	0.2417	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6235-2.6944	0.2894	136	0.2463	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6944-2.7737	0.2745	139	0.2325	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7737-2.8632	0.2694	137	0.2365	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8632-2.9655	0.2597	135	0.2313	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9655-3.0842	0.2533	138	0.2297	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0842-3.2245	0.2659	138	0.2215	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2245-3.3945	0.2212	138	0.2134	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3945-3.6071	0.2179	139	0.1944	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6071-3.8855	0.1965	139	0.188	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8855-4.2762	0.1956	138	0.1703	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2762-4.8944	0.1636	141	0.1486	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8944-6.1643	0.2054	142	0.1755	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1643-46.7711	0.2014	150	0.1847	2838	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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