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- PDB-4ib4: Crystal structure of the chimeric protein of 5-HT2B-BRIL in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ib4
タイトルCrystal structure of the chimeric protein of 5-HT2B-BRIL in complex with ergotamine
要素Chimera protein of human 5-hydroxytryptamine receptor 2B and E. Coli soluble cytochrome b562
キーワードSIGNALING PROTEIN / ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / ergotamine (エルゴタミン) / Novel protein engineering / GPCR Network / Membrane protein (膜タンパク質) / PSI-Biology / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / GPCR Dock
機能・相同性
機能・相同性情報


行動 / intestine smooth muscle contraction / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / protein kinase C signaling / regulation of behavior / セロトニン受容体 ...行動 / intestine smooth muscle contraction / Gq/11-coupled serotonin receptor activity / phospholipase C-activating serotonin receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / G protein-coupled serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor complex / protein kinase C signaling / regulation of behavior / セロトニン受容体 / embryonic morphogenesis / cellular response to temperature stimulus / serotonin binding / 血管収縮 / protein kinase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor activity / G protein-coupled receptor internalization / cardiac muscle hypertrophy / neurotransmitter receptor activity / neural crest cell differentiation / 神経堤 / cGMP-mediated signaling / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / positive regulation of cell division / : / G-protein alpha-subunit binding / heart morphogenesis / release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of endothelial cell proliferation / ERK1 and ERK2 cascade / GTPase activator activity / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cytokine production / 電子伝達系 / calcium-mediated signaling / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of MAP kinase activity / intracellular calcium ion homeostasis / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / ペリプラズム / electron transfer activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / response to xenobiotic stimulus / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / リン酸化 / シナプス / 樹状突起 / heme binding / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / 核質 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
5-Hydroxytryptamine 2B receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Cytochrome c/b562 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) ...5-Hydroxytryptamine 2B receptor / 5-hydroxytryptamine receptor family / Cytochrome c/b562 / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
コレステロール / エルゴタミン / オレイン酸 / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / パルミチン酸 / Soluble cytochrome b562 / 5-hydroxytryptamine receptor 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wacker, D. / Wang, C. / Katritch, V. / Han, G.W. / Huang, X. / Vardy, E. / McCorvy, J.D. / Jiang, Y. / Chu, M. / Siu, F.Y. ...Wacker, D. / Wang, C. / Katritch, V. / Han, G.W. / Huang, X. / Vardy, E. / McCorvy, J.D. / Jiang, Y. / Chu, M. / Siu, F.Y. / Liu, W. / Xu, H.E. / Cherezov, V. / Roth, B.L. / Stevens, R.C. / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Structural features for functional selectivity at serotonin receptors.
著者: Wacker, D. / Wang, C. / Katritch, V. / Han, G.W. / Huang, X.P. / Vardy, E. / McCorvy, J.D. / Jiang, Y. / Chu, M. / Siu, F.Y. / Liu, W. / Xu, H.E. / Cherezov, V. / Roth, B.L. / Stevens, R.C.
履歴
登録2012年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月3日Group: Database references
改定 1.22013年4月10日Group: Database references
改定 1.32013年5月15日Group: Database references
改定 1.42017年6月7日Group: Database references / Structure summary
改定 1.52017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.62023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chimera protein of human 5-hydroxytryptamine receptor 2B and E. Coli soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,71112
ポリマ－48,2831
非ポリマー3,42811
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.571, 119.750, 170.607
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Chimera protein of human 5-hydroxytryptamine receptor 2B and E. Coli soluble cytochrome b562 /


分子量: 48283.273 Da / 分子数: 1 / 変異: M144W, M29W, H124I, R128L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: HTR2B, cybC / プラスミド: pFASTBAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P41595, UniProt: P0ABE7

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非ポリマー , 8種, 20分子

#2: 化合物 ChemComp-ERM / Ergotamine / エルゴタミン / エルゴタミン


分子量: 581.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H35N5O5 / コメント: 神経伝達物質, alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物 ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル


分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#7: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸 / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 17

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris/HCl pH 8.0, 100 mM magnesium sulfate and 30% (v/v) PEG400, Lipid Cubic Phase (LCP) , temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 16041 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 72.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 92.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
BUSTER2.10.0精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 3PBL

3pbl


解像度: 2.7→24.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9267 / SU R Cruickshank DPI: 0.579 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2663 823 5.2 %RANDOM
Rwork0.2244 ---
obs0.2265 15818 90.69 %-
原子変位パラメータBiso mean: 80.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.0121 Å20 Å20 Å2
2---1.2375 Å20 Å2
3---3.2497 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.429 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→24.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2849 0 205 9 3063
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093121HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.994232HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d1432SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONf_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONf_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONf_trig_c_planes52HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONf_gen_planes436HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONf_it3121HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd
X-RAY DIFFRACTIONf_omega_torsion1.91
X-RAY DIFFRACTIONf_other_torsion3.09
X-RAY DIFFRACTIONf_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_improper_torsion421SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONf_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONf_utility_distance1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONf_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONf_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONf_ideal_dist_contact3548SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.89 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 162 5.59 %
Rwork0.2596 2735 -
all0.2593 2897 -
obs--90.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.71890.0732-0.47841.52180.61972.7370.09170.01110.1175-0.0336-0.06760.0689-0.0945-0.0891-0.024-0.0480.0189-0.0017-0.2239-0.0207-0.194622.390917.7334-2.6841
22.8264-0.0790.11030.1612-1.39573.27820.0176-0.15090.02920.0616-0.00760.04320.02670.0473-0.01-0.1673-0.073-0.05640.232-0.1484-0.211347.57785.81-45.2388
30.0574-0.50080.14140.00370.099700.00140.01380.0053-0.0019-0.0026-0.00320.0004-0.00140.0012-0.01760.06580.01030.0061-0.0175-0.00155.303633.5433-9.5529
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|48 - A|400 }A48 - 400
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|1001- A|1106 }A1001 - 1106
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|2002 - A|2002 }A2002

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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