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- PDB-4i4r: BEL beta-trefoil apo crystal form 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i4r
タイトルBEL beta-trefoil apo crystal form 4
要素BEL-beta trefoil
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin (レクチン) / fruiting bodies
機能・相同性Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta / BEL-beta trefoil
機能・相同性情報
生物種Boletus edulis (ヤマドリタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Bovi, M. / Cenci, L. / Perduca, M. / Capaldi, S. / Carrizo, M.E. / Civiero, L. / Chiarelli, L.R. / Galliano, M. / Monaco, H.L.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2013
タイトル: BEL {beta}-trefoil: A novel lectin with antineoplastic properties in king bolete (Boletus edulis) mushrooms.
著者: Bovi, M. / Cenci, L. / Perduca, M. / Capaldi, S. / Carrizo, M.E. / Civiero, L. / Chiarelli, L.R. / Galliano, M. / Monaco, H.L.
履歴
登録2012年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BEL-beta trefoil
B: BEL-beta trefoil
C: BEL-beta trefoil
D: BEL-beta trefoil
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,61810
ポリマ－66,8864
非ポリマー7336
水9,044502
1
A: BEL-beta trefoil
B: BEL-beta trefoil
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9316
ポリマ－33,4432
非ポリマー4894
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: BEL-beta trefoil
D: BEL-beta trefoil
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6874
ポリマ－33,4432
非ポリマー2442
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: BEL-beta trefoil
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9663
ポリマ－16,7211
非ポリマー2442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
B: BEL-beta trefoil
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9663
ポリマ－16,7211
非ポリマー2442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
C: BEL-beta trefoil
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8442
ポリマ－16,7211
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
D: BEL-beta trefoil
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8442
ポリマ－16,7211
非ポリマー1221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.420, 70.030, 71.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
BEL-beta trefoil


分子量: 16721.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Boletus edulis (ヤマドリタケ) / 参照: UniProt: R4GRU5*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M magnesium chloride, 25% PEG4000, 0.2 M 1-butyl-3-methylimidazolium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月22日
放射モノクロメーター: Diamond(001) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→30 Å / Num. all: 59260 / Num. obs: 59260 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.77→1.87 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4I4P

4i4p


解像度: 1.77→24.635 Å / SU ML: 0.54 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2197 2997 5.06 %RANDOM
Rwork0.1764 ---
obs0.1786 59224 97.77 %-
all-59224 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.497 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2061 Å2-0 Å20.2489 Å2
2--0.2074 Å20 Å2
3----0.4135 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→24.635 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4756 0 48 502 5306
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.066864
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0511820
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081699
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005914
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.77-1.7990.30461400.24732647X-RAY DIFFRACTION97
1.799-1.830.28121550.23532591X-RAY DIFFRACTION96
1.83-1.86330.28411390.21712653X-RAY DIFFRACTION97
1.8633-1.89910.24971600.20482624X-RAY DIFFRACTION97
1.8991-1.93790.26071210.18282659X-RAY DIFFRACTION97
1.9379-1.980.22761500.17682647X-RAY DIFFRACTION97
1.98-2.0260.23381430.17542631X-RAY DIFFRACTION98
2.026-2.07670.23721140.17072721X-RAY DIFFRACTION98
2.0767-2.13280.231280.16852679X-RAY DIFFRACTION98
2.1328-2.19550.24291490.17282654X-RAY DIFFRACTION98
2.1955-2.26640.20581380.1712661X-RAY DIFFRACTION98
2.2664-2.34730.2291540.17172687X-RAY DIFFRACTION98
2.3473-2.44120.20211460.17542642X-RAY DIFFRACTION98
2.4412-2.55220.21071300.17372704X-RAY DIFFRACTION98
2.5522-2.68660.25041310.17072712X-RAY DIFFRACTION98
2.6866-2.85470.23241650.18842667X-RAY DIFFRACTION98
2.8547-3.07470.21691530.18132695X-RAY DIFFRACTION99
3.0747-3.38340.21591350.18512705X-RAY DIFFRACTION99
3.3834-3.87140.20711470.16522742X-RAY DIFFRACTION99
3.8714-4.87140.16091430.14452720X-RAY DIFFRACTION99
4.8714-24.63720.22091560.18482786X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.6021 Å / Origin y: 17.0225 Å / Origin z: 17.857 Å
111213212223313233
T0.0118 Å20.0304 Å20.0047 Å2-0.0372 Å20.0186 Å2---0.034 Å2
L0.4384 °20.1257 °20.0764 °2-0.9954 °20.2456 °2--0.5699 °2
S-0.0102 Å °0.0046 Å °0.0216 Å °0.0174 Å °0.0444 Å °-0.0084 Å °-0.0285 Å °-0.086 Å °0.026 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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