+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4i4o | ||||||
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Title | BEL beta-trefoil apo crystal form 1 | ||||||
Components | BEL beta-trefoil | ||||||
Keywords | SUGAR BINDING PROTEIN / lectin / galactose / fruiting bodies | ||||||
Function / homology | Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta / BEL-beta trefoil Function and homology information | ||||||
Biological species | Boletus edulis (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.12 Å | ||||||
Authors | Bovi, M. / Cenci, L. / Perduca, M. / Capaldi, S. / Carrizo, M.E. / Civiero, L. / Chiarelli, L.R. / Galliano, M. / Monaco, H.L. | ||||||
Citation | Journal: Glycobiology / Year: 2013 Title: BEL {beta}-trefoil: A novel lectin with antineoplastic properties in king bolete (Boletus edulis) mushrooms. Authors: Bovi, M. / Cenci, L. / Perduca, M. / Capaldi, S. / Carrizo, M.E. / Civiero, L. / Chiarelli, L.R. / Galliano, M. / Monaco, H.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4i4o.cif.gz | 144 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4i4o.ent.gz | 113.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4i4o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/4i4o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/4i4o | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4i4pSC 4i4qC 4i4rC 4i4sC 4i4uC 4i4vC 4i4xC 4i4yC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16721.391 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Boletus edulis (fungus) / References: UniProt: R4GRU5*PLUS #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M Tris-HCl, 1.5 M ammonium sulfate, 10% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 1.0332 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 25, 2011 |
Radiation | Monochromator: channel-cut Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.12→63.6 Å / Num. all: 110718 / Num. obs: 103662 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 6.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 18 |
Reflection shell | Resolution: 1.12→1.18 Å / Redundancy: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Mean I/σ(I) obs: 8.8 / % possible all: 81.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4I4P Resolution: 1.12→29.579 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / Phase error: 13.02 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.6 Å / VDW probe radii: 0.9 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.401 Å2 / ksol: 0.408 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.12→29.579 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 2.2216 Å / Origin y: 5.767 Å / Origin z: 19.099 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |