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Yorodumi- PDB-4i4i: Crystal Structure of Bacillus stearothermophilus Phosphofructokin... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4i4i | ||||||
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Title | Crystal Structure of Bacillus stearothermophilus Phosphofructokinase mutant T156A bound to PEP | ||||||
Components | 6-phosphofructokinasePhosphofructokinase 1 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / phosphofructokinase | ||||||
Function / homology | Function and homology information 6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / monosaccharide binding / AMP binding / ATP binding ...6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / monosaccharide binding / AMP binding / ATP binding / membrane / identical protein binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Geobacillus stearothermophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.4948 Å | ||||||
Authors | Mosser, R. / Reddy, M. / Bruning, J.B. / Sacchettini, J.C. / Reinhart, G.D. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2013 Title: Redefining the Role of the Quaternary Shift in Bacillus stearothermophilus Phosphofructokinase. Authors: Mosser, R. / Reddy, M.C. / Bruning, J.B. / Sacchettini, J.C. / Reinhart, G.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4i4i.cif.gz | 251 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4i4i.ent.gz | 201.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4i4i.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/4i4i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i4/4i4i | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4i36C 4i7eC 3u39S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 34137.828 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: T156A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacillus stearothermophilus (bacteria) Gene: pfk, pfkA / Plasmid: pBR322/BsPFK / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rl257 / References: UniProt: P00512, 6-phosphofructokinase #2: Chemical | ChemComp-PEP / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.1M HEPES sodium pH 7.5 and 1.4 M Sodium citrate tribasic dehydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97924 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jan 26, 2010 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97924 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 6.74 % / Number: 428537 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Χ2: 0.95 / D res high: 2.3 Å / D res low: 38.89 Å / Num. obs: 63136 / % possible obs: 100 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell | ID: 1
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Reflection | Resolution: 2.494→48.286 Å / Num. obs: 48881 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.74 % / Biso Wilson estimate: 44.606 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 12.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3U39 Resolution: 2.4948→45.1724 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / Stereochemistry target values: mlhl
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Solvent computation | Bsol: 43.149 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 177.79 Å2 / Biso mean: 49.0435 Å2 / Biso min: 11.09 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4948→45.1724 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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