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万見
- PDB-4i2y: Crystal Structure of the genetically encoded calcium indicator RGECO1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4i2y
タイトルCrystal Structure of the genetically encoded calcium indicator RGECO1
要素RGECO1
キーワードFLUORESCENT PROTEIN (蛍光タンパク質) / Calcium binding (カルシウム) / sensor (センサ) / mApple / fluorescent calcium indicator
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of store-operated calcium channel activity / regulation of high voltage-gated calcium channel activity / : / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / : / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / establishment of protein localization to membrane ...regulation of store-operated calcium channel activity / regulation of high voltage-gated calcium channel activity / : / regulation of response to tumor cell / positive regulation of autophagic cell death / DAPK1-calmodulin complex / : / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / establishment of protein localization to membrane / regulation of synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of high voltage-gated calcium channel activity / regulation of synaptic vesicle exocytosis / organelle localization by membrane tethering / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / regulation of cardiac muscle cell action potential / autophagosome membrane docking / positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / nitric-oxide synthase binding / protein phosphatase activator activity / positive regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / positive regulation of phosphoprotein phosphatase activity / adenylate cyclase binding / catalytic complex / detection of calcium ion / calcium channel regulator activity / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / regulation of cardiac muscle contraction / calcium channel inhibitor activity / positive regulation of DNA binding / phosphatidylinositol 3-kinase binding / enzyme regulator activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of protein dephosphorylation / potassium ion transmembrane transport / voltage-gated potassium channel complex / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / titin binding / calcium channel complex / activation of adenylate cyclase activity / response to amphetamine / adenylate cyclase activator activity / nitric-oxide synthase regulator activity / regulation of heart rate / sarcomere / 生物発光 / regulation of cytokinesis / generation of precursor metabolites and energy / calcium-mediated signaling / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / spindle microtubule / 紡錘体 / response to calcium ion / calcium-dependent protein binding / G2/M transition of mitotic cell cycle / disordered domain specific binding / 髄鞘 / 成長円錐 / vesicle / transmembrane transporter binding / protein autophosphorylation / protein kinase activity / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / リン酸化 / 中心体 / calcium ion binding / protein kinase binding / protein-containing complex / ミトコンドリア / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / EF-hand domain pair / Immunoglobulin subtype 2 ...緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / EF-hand domain pair / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin-1 / ミオシン軽鎖キナーゼ / Red fluorescent protein drFP583
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Discosoma sp. (イソギンチャク)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Akerboom, J. / Looger, L.L. / Schreiter, E.R.
引用ジャーナル: Front Mol Neurosci / 年: 2013
タイトル: Genetically encoded calcium indicators for multi-color neural activity imaging and combination with optogenetics.
著者: Akerboom, J. / Carreras Calderon, N. / Tian, L. / Wabnig, S. / Prigge, M. / Tolo, J. / Gordus, A. / Orger, M.B. / Severi, K.E. / Macklin, J.J. / Patel, R. / Pulver, S.R. / Wardill, T.J. / ...著者: Akerboom, J. / Carreras Calderon, N. / Tian, L. / Wabnig, S. / Prigge, M. / Tolo, J. / Gordus, A. / Orger, M.B. / Severi, K.E. / Macklin, J.J. / Patel, R. / Pulver, S.R. / Wardill, T.J. / Fischer, E. / Schuler, C. / Chen, T.W. / Sarkisyan, K.S. / Marvin, J.S. / Bargmann, C.I. / Kim, D.S. / Kugler, S. / Lagnado, L. / Hegemann, P. / Gottschalk, A. / Schreiter, E.R. / Looger, L.L.
履歴
登録2012年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月5日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RGECO1
B: RGECO1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,38110
ポリマ－95,0602
非ポリマー3218
水1,78399
1
A: RGECO1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6915
ポリマ－47,5301
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RGECO1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6915
ポリマ－47,5301
非ポリマー1604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.160, 91.730, 68.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RGECO1 / myosin light chain kinase / green fluorescent protein / calmodulin chimera


分子量: 47530.219 Da / 分子数: 2
変異: Q44N, T46A, T62S, L65M, R68E, V71A, G74S, H77K, A79G, K81R, L89A, V90A, F92V, S94T, I95T, M97K, Y107A, Y109I, S112I, T117V, Y129C, T132A, R174H, T178S, G197A, H198F, N199Q, V201A, V228A, ...変異: Q44N, T46A, T62S, L65M, R68E, V71A, G74S, H77K, A79G, K81R, L89A, V90A, F92V, S94T, I95T, M97K, Y107A, Y109I, S112I, T117V, Y129C, T132A, R174H, T178S, G197A, H198F, N199Q, V201A, V228A, V230I, K240F, K249R, V261I, V262I, T263H, T265N, C274V, F281L, I282R, V284T, S288P, N363D, I366F, K380N, S404G, N414D, E430V
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ), (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク), (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6LDG3, UniProt: Q9U6Y8, UniProt: P62161
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS TRIPLE CHIMERA COMPRISES (FROM THE N-TERMINUS) AN ENGINEERED EXPRESSION TAG, RESIDUES 37-55 OF ...THIS TRIPLE CHIMERA COMPRISES (FROM THE N-TERMINUS) AN ENGINEERED EXPRESSION TAG, RESIDUES 37-55 OF UNP Q6LDG3, AN ENGINEERED PVV LINKER, RESIDUES 147-221 OF UNP Q9U6Y8, AN ENGINEERED STGGMDELYKGGTGGSLVSKGEEDNMAI LINKER, RESIDUES 8-145 OF UNP Q9U6Y8, AN ENGINEERED TR LINKER, AND RESIDUES 3-149 OF UNP P62161. UNP Q9U6Y8 RESIDUES Q66, Y67, AND G68 ARE FORMING THE CHROMOPHORE NRQ.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 73mM malonic acid, 10mM ammonium citrate tribasic, 5mM succinic acid, 12mM malic acid, 16mM sodium acetate trihydrate, 20mM sodium formate, 6mM ammonium tartrate dibasic, 12% PEG 3350, pH 5, ...詳細: 73mM malonic acid, 10mM ammonium citrate tribasic, 5mM succinic acid, 12mM malic acid, 16mM sodium acetate trihydrate, 20mM sodium formate, 6mM ammonium tartrate dibasic, 12% PEG 3350, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月16日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→54.77 Å / Num. all: 40865 / Num. obs: 40865 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0111精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2H5Q, 3SG3

2h5q

3sg3


解像度: 2.2→68.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 6.21 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.288 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25732 2049 5 %RANDOM
Rwork0.19344 ---
obs0.19659 38794 99.97 %-
all-40865 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.172 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å20 Å2-0.14 Å2
2--0.99 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→68.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6092 0 8 99 6199
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0226221
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9361.9648371
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97310537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2845752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.67724.734319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.51151109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4511539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2864
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216983
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021278
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 145 -
Rwork0.253 2783 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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