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- PDB-4ht6: The Structure of a Yeast Dynein Dyn2-Pac11 Complex and Effect on ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ht6
タイトルThe Structure of a Yeast Dynein Dyn2-Pac11 Complex and Effect on Single Molecule Dynein Motor Activity
要素
  • Dynein light chain 1, cytoplasmic
  • WD repeat-containing protein PAC11
キーワードMOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / Dimerization / Dynein (ダイニン) / Intermediate Chain / Light Chain / Dynein Intermediate Chain Dynein Heavy Chain
機能・相同性
機能・相同性情報


: / peroxisomal importomer complex / dynein light chain binding / dynein heavy chain binding / establishment of mitotic spindle localization / nuclear migration along microtubule / nuclear pore complex assembly / cytoplasmic dynein complex / nucleocytoplasmic transport / dynein intermediate chain binding ...: / peroxisomal importomer complex / dynein light chain binding / dynein heavy chain binding / establishment of mitotic spindle localization / nuclear migration along microtubule / nuclear pore complex assembly / cytoplasmic dynein complex / nucleocytoplasmic transport / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement / cytoplasmic microtubule / establishment of mitotic spindle orientation / mRNA transport / 核膜孔 / Neutrophil degranulation / nuclear periphery / protein transport / 核膜 / protein-containing complex binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase; / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain superfamily / Dynein light chain type 1 / : / WD40 repeat, conserved site ...Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase; / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain superfamily / Dynein light chain type 1 / : / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
WD repeat-containing protein PAC11 / Dynein light chain 1, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Slep, K.C. / Romes, E.R.
引用ジャーナル: Mol Biol Cell / 年: 2013
タイトル: The yeast dynein Dyn2-Pac11 complex is a dynein dimerization/processivity factor: structural and single-molecule characterization.
著者: Rao, L. / Romes, E.M. / Nicholas, M.P. / Brenner, S. / Tripathy, A. / Gennerich, A. / Slep, K.C.
履歴
登録2012年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynein light chain 1, cytoplasmic
B: WD repeat-containing protein PAC11
C: Dynein light chain 1, cytoplasmic
D: WD repeat-containing protein PAC11
E: Dynein light chain 1, cytoplasmic
F: WD repeat-containing protein PAC11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4526
ポリマ－36,4526
非ポリマー00
水4,936274
1
A: Dynein light chain 1, cytoplasmic
B: WD repeat-containing protein PAC11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1512
ポリマ－12,1512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area5490 Å2
手法PISA
2
C: Dynein light chain 1, cytoplasmic
D: WD repeat-containing protein PAC11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1512
ポリマ－12,1512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area5500 Å2
手法PISA
3
E: Dynein light chain 1, cytoplasmic
F: WD repeat-containing protein PAC11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1512
ポリマ－12,1512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area5570 Å2
手法PISA
4
E: Dynein light chain 1, cytoplasmic
F: WD repeat-containing protein PAC11

E: Dynein light chain 1, cytoplasmic
F: WD repeat-containing protein PAC11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3024
ポリマ－24,3024
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+3/21
Buried area5210 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area8700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.506, 112.747, 56.369
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-125-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Dynein light chain 1, cytoplasmic


分子量: 10868.436 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: DYN2, SLC1, YDR424C / プラスミド: pGEX-6P2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 (pLysS) / 参照: UniProt: Q02647
#2: タンパク質・ペプチド WD repeat-containing protein PAC11


分子量: 1282.377 Da / 分子数: 3 / Fragment: residues 75-85 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40960
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.4M sodium phosphate monobasic, 0.1M 1,6-hexanediol, 25% PEG 3350 (w/v), pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年6月13日
放射モノクロメーター: APS ID22 Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 25879 / Num. obs: 25589 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
1.9-1.97188.8
1.97-2.05198.9
2.05-2.14199.8
2.14-2.25199.8
2.25-2.39199.7
2.39-2.58199.7
2.58-2.84199.7
2.84-3.25199.8
3.25-4.09199.6
4.09-50199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4DS1

4ds1


解像度: 1.9→37.717 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2124 2000 7.79 %Random
Rwork0.1596 ---
all0.1698 25965 --
obs0.1698 25575 98.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.561 Å2 / ksol: 0.406 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9111 Å20 Å20 Å2
2--0.7736 Å2-0 Å2
3---0.1375 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.717 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2343 0 0 274 2617
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072391
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0353231
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.118864
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078369
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004399
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8987-1.94620.26971070.19871297X-RAY DIFFRACTION77
1.9462-1.99880.23081250.17921512X-RAY DIFFRACTION89
1.9988-2.05760.24141320.1621532X-RAY DIFFRACTION92
2.0576-2.1240.19781310.15611589X-RAY DIFFRACTION95
2.124-2.19990.17991400.1421622X-RAY DIFFRACTION96
2.1999-2.2880.19751380.1461639X-RAY DIFFRACTION97
2.288-2.39210.22251420.15211647X-RAY DIFFRACTION98
2.3921-2.51820.26991410.16481658X-RAY DIFFRACTION98
2.5182-2.67590.25111400.17821675X-RAY DIFFRACTION98
2.6759-2.88250.24291400.1611663X-RAY DIFFRACTION98
2.8825-3.17240.22751470.15861721X-RAY DIFFRACTION99
3.1724-3.63120.18221450.14681714X-RAY DIFFRACTION99
3.6312-4.57360.17621460.14081725X-RAY DIFFRACTION100
4.5736-37.72490.2061540.18311814X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.7782 Å / Origin y: 128.8921 Å / Origin z: 56.7859 Å
111213212223313233
T0.0816 Å2-0.0099 Å20.0136 Å2-0.0389 Å20.0046 Å2--0.0356 Å2
L1.2275 °2-0.2065 °20.4311 °2-0.3108 °2-0.1003 °2--0.4666 °2
S-0.0094 Å °-0.1244 Å °-0.009 Å °0.0504 Å °0.0128 Å °0.0131 Å °-0.0355 Å °-0.0212 Å °-0.0079 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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