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万見
- PDB-4hs8: Hepatitus C envelope glycoprotein E2 fragment 412-423 with humani... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hs8
タイトルHepatitus C envelope glycoprotein E2 fragment 412-423 with humanized and affinity-matured antibody hu5B3.v3
要素
  • (antibody hu5B3.v2 Fab ...) x 2
  • E2-peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell lipid droplet / lipid droplet / host cell endoplasmic reticulum membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Eigenbrot, C. / Ultsch, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Glycan shifting on hepatitis C virus (HCV) e2 glycoprotein is a mechanism for escape from broadly neutralizing antibodies.
著者: Pantua, H. / Diao, J. / Ultsch, M. / Hazen, M. / Mathieu, M. / McCutcheon, K. / Takeda, K. / Date, S. / Cheung, T.K. / Phung, Q. / Hass, P. / Arnott, D. / Hongo, J.A. / Matthews, D.J. / ...著者: Pantua, H. / Diao, J. / Ultsch, M. / Hazen, M. / Mathieu, M. / McCutcheon, K. / Takeda, K. / Date, S. / Cheung, T.K. / Phung, Q. / Hass, P. / Arnott, D. / Hongo, J.A. / Matthews, D.J. / Brown, A. / Patel, A.H. / Kelley, R.F. / Eigenbrot, C. / Kapadia, S.B.
履歴
登録2012年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月29日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E2-peptide
H: antibody hu5B3.v2 Fab heavy chain
L: antibody hu5B3.v2 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6178
ポリマ－50,1493
非ポリマー4685
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area19670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.716, 77.716, 181.384
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質・ペプチド E2-peptide


分子量: 1727.877 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 50-62 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in hepatitus C virus / 由来: (合成) Hepatitis C virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9YK84

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 antibody hu5B3.v2 Fab heavy chain


分子量: 24653.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 antibody hu5B3.v2 Fab light chain


分子量: 23767.291 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 3種, 31分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細E2-PEPTIDE IS BIOTINYLATED, WITH BIOTIN (BTN) ATTACHED TO THE SIDE CHAIN OF THE C-TERMINAL LYS ...E2-PEPTIDE IS BIOTINYLATED, WITH BIOTIN (BTN) ATTACHED TO THE SIDE CHAIN OF THE C-TERMINAL LYS RESIDUE. HOWEVER, SOME RESIDUES AT THE C-TERMINUS, INCLUDING BTN, ARE MISSING DUE TO DISORDER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月16日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 17898 / Num. obs: 17880 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 73.69 Å2 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 19

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.11.2精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FVC

1fvc


解像度: 2.6→29.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9298 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU R Cruickshank DPI: 0.564 / Isotropic thermal model: TLS in 5 groups / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: maXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1024 5.74 %RANDOM
Rwork0.2223 ---
all0.225 18862 --
obs0.2246 17838 99.94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.195 Å20 Å20 Å2
2---1.195 Å20 Å2
3---2.39 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.441 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3480 0 28 26 3534
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0093592HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.284884HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1182SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes82HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes519HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3592HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.24
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.2
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion470SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3993SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3078 167 5.92 %
Rwork0.2497 2654 -
all0.2533 2821 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.46940.36560.53992.03470.88922.3021-0.03050.20640.3266-0.1780.0663-0.0122-0.2142-0.1215-0.0358-0.0656-0.08370.0399-0.0449-0.0055-0.00621.7532-10.6092-20.9329
22.8543-0.80521.50742.5215-1.64182.67450.1629-0.22390.05790.2365-0.2112-0.08420.06310.27870.0483-0.1473-0.1520.0310.1728-0.152-0.062823.818-10.62839.9719
32.9297-0.59780.34241.4523-0.09982.5104-0.22130.2333-0.3594-0.08070.12560.05370.49920.06650.09570.0466-0.10920.0684-0.1112-0.0806-0.03627.9834-31.2527-21.7111
41.0812-0.7175-0.47371.2904-0.87024.1040.0913-0.1959-0.01390.14680.00750.09260.2831-0.181-0.0987-0.1528-0.12720.02780.1524-0.056-0.081315.9156-23.751710.0761
501.2842-0.001100.59431.3753-0.00040.0363-0.0034-0.05030.0360.12690.033-0.0166-0.03560.0364-0.152-0.00730.1643-0.1265-0.1652-5.7745-26.1769-36.8313
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ L|1 - L|107 }L1 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2{ L|108 - L|214 }L108 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3{ H|1 - H|113 }H1 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4{ H|114 - H|216 }H114 - 216
5X-RAY DIFFRACTION5{ A|412 - A|423 }A412 - 423

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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