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- PDB-4hqz: Crystal structure of the pneumoccocal exposed lipoprotein thiored... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hqz
タイトルCrystal structure of the pneumoccocal exposed lipoprotein thioredoxin sp_1000 (Etrx2) from Streptococcus pneumoniae strain TIGR4 in complex with 2-hydroxyethyl disulfide
要素Thioredoxin family proteinThioredoxin domain
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / lipoprotein (リポタンパク質) / Disulfide Bridge (ジスルフィド) / Thiorredoxin / membrane (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-HYDROXYETHYL DISULFIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Thioredoxin family protein / Thioredoxin family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.22 Å
データ登録者Bartual, S.G. / Saleh, M. / Abdullah, M.R. / Jensch, I. / Asmat, T.M. / Petruschka, L. / Pribyl, T. / Hermoso, J.A. / Hammerschmidt, S.
引用ジャーナル: EMBO Mol Med / 年: 2013
タイトル: Molecular architecture of Streptococcus pneumoniae surface thioredoxin-fold lipoproteins crucial for extracellular oxidative stress resistance and maintenance of virulence.
著者: Saleh, M. / Bartual, S.G. / Abdullah, M.R. / Jensch, I. / Asmat, T.M. / Petruschka, L. / Pribyl, T. / Gellert, M. / Lillig, C.H. / Antelmann, H. / Hermoso, J.A. / Hammerschmidt, S.
履歴
登録2012年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin family protein
B: Thioredoxin family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5405
ポリマ－42,1262
非ポリマー4153
水7,260403
1
A: Thioredoxin family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3233
ポリマ－21,0631
非ポリマー2602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thioredoxin family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2172
ポリマ－21,0631
非ポリマー1541
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.100, 36.080, 58.640
Angle α, β, γ (deg.)101.13, 100.26, 101.59
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Thioredoxin family protein / Thioredoxin domain


分子量: 21062.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / 遺伝子: SP_1000 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q97R36, UniProt: A0A0H2UPR5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-HED / 2-HYDROXYETHYL DISULFIDE / 2,2′-ジチオビスエタノ-ル


分子量: 154.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE MATURE CONSTRUCT AUTHORS WERE USING FOR PROTEIN EXPRESSION HAS A SER, DUE TO PLASMID ARTIFACT ...THE MATURE CONSTRUCT AUTHORS WERE USING FOR PROTEIN EXPRESSION HAS A SER, DUE TO PLASMID ARTIFACT ON THIS POSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.35 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30% PEG 1500 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: Pilatus 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.22→23.89 Å / Num. all: 67595 / Num. obs: 67595 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.22→1.24 Å / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2H1B

2h1b


解像度: 1.22→23.887 Å / SU ML: 0.1 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 18.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1762 3380 5 %RANDOM
Rwork0.1545 ---
obs0.1556 67576 92.09 %-
all-67576 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.22→23.887 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2262 0 23 403 2688
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092394
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2563226
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.771908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076334
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008421
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.22-1.23740.23761390.2265089
1.2374-1.25590.23311270.1988255290
1.2559-1.27550.2281300.1873262090
1.2755-1.29640.2151330.1904260490
1.2964-1.31880.23671360.1855259290
1.3188-1.34280.18771490.1881260989
1.3428-1.36860.2011300.1738256989
1.3686-1.39650.19511360.1784258687
1.3965-1.42690.1971470.1708263293
1.4269-1.46010.20661330.1787273593
1.4601-1.49660.20531700.1632263293
1.4966-1.5370.21241490.1607270394
1.537-1.58230.19551360.1595269193
1.5823-1.63330.17561330.1603272293
1.6333-1.69170.17341380.1593267792
1.6917-1.75940.19531250.154266692
1.7594-1.83940.17021350.1579263991
1.8394-1.93640.16561540.1513268193
1.9364-2.05760.16911500.1404277095
2.0576-2.21640.14991590.1365275095
2.2164-2.43920.1521420.1401279596
2.4392-2.79170.16631460.1528278596
2.7917-3.51550.16611400.151267092
3.5155-23.89130.17081430.1456286699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.5113.88571.17214.9860.37183.6785-0.05030.19060.0738-0.36020.0421-0.946-0.31550.6976-0.03770.1818-0.02740.05120.2346-0.0220.294638.650316.565619.0709
22.44590.9043-2.00510.5773-1.35873.6480.00360.14740.4046-0.00950.20240.2028-0.0233-0.654-0.13120.1877-0.0341-0.01670.28020.01510.180418.394911.899422.9557
33.4845-0.855-1.85512.5459-1.74243.0744-0.18370.42940.0125-0.38410.20670.1634-0.0967-0.2585-0.01190.18310.0016-0.01510.1330.0050.097224.893517.82618.0076
41.40840.9747-0.32862.188-0.85091.8875-0.02520.0251-0.07610.02320.0423-0.0751-0.10710.0041-0.04870.0893-0.0040.00250.08750.00330.093329.191614.185830.0972
51.7599-1.40440.07344.0049-0.82071.8685-0.0348-0.1183-0.0176-0.0510.0844-0.07890.15780.0205-0.04740.08860.00410.00720.09910.00650.09226.107215.118541.1544
61.3476-0.4719-0.58842.3176-0.29711.01760.1250.01610.46380.0313-0.05040.0284-0.2622-0.0711-0.04860.1433-0.00280.02070.11540.00590.213426.534723.352131.8479
73.5869-1.04281.13711.2320.24723.2561-0.2142-0.1261-0.7658-0.2060.0782-0.50090.6475-0.06780.06490.2236-0.03140.06890.1019-0.01010.265624.3259-1.110530.0217
82.7854-0.4172-0.71653.66831.143.3268-0.11660.2434-0.20230.0614-0.11520.40010.3007-0.56360.20240.1425-0.05380.0230.1789-0.0280.183214.56495.296434.3436
92.2516-0.2408-0.60461.519-0.09432.48-0.01050.1976-0.0511-0.1229-0.01540.00450.1037-0.29620.0240.0985-0.0229-0.01040.11380.00070.120820.766410.560630.0805
102.140.2684-0.24141.9675-0.36514.8709-0.0880.1254-0.2986-0.1502-0.0502-0.28340.55070.35890.10420.14250.03370.02660.12560.00690.150634.71355.167625.9216
111.92640.05810.06383.4701-0.73042.117-0.05580.21630.0187-0.47890.0459-0.1133-0.0460.2633-0.04220.1294-0.03530.00950.1426-0.00840.107935.709618.950226.4566
120.8893-0.1926-0.62460.34470.09720.4353-0.0468-0.0181-0.07980.03960.1818-0.17220.02990.3673-0.14690.131-0.0046-0.01380.1835-0.00980.193738.93214.681133.6985
131.83730.6701-1.02221.9135-1.39444.2028-0.00470.01460.0935-0.07430.0626-0.111-0.28270.1355-0.06240.1055-0.0335-0.00150.114-0.00410.115236.916325.650235.2474
141.67920.570.60753.5616-0.10453.59770.0413-0.2388-0.05250.498-0.0780.3751-0.2148-0.32580.05520.19030.01160.01490.1543-0.00360.15266.414329.64366.62
154.7295-1.2145-1.16923.02380.16360.34380.08970.2728-0.0233-0.1023-0.0837-0.221-0.01330.1879-0.00460.13720.0023-0.02130.2266-0.02080.136526.621223.018263.4993
166.0008-4.07390.27994.6268-1.20470.9291-0.4333-0.030.47130.38390.4186-0.3694-0.25120.1806-0.02590.1653-0.0047-0.02210.21640.00060.165821.536531.20464.9844
170.9811-0.9797-0.00933.5565-0.30421.2657-0.0690.01250.0538-0.00080.0166-0.03030.01750.02250.0520.0772-0.0011-0.00640.0840.00210.08915.148622.334657.5561
180.71020.3338-0.55122.1084-0.48881.0164-0.0060.074-0.0983-0.00330.062-0.06680.0479-0.036-0.06090.10150.0075-0.00540.1261-0.00390.120116.905616.49947.8417
191.5757-0.0572-0.85762.8531-0.48921.66520.10930.32760.4095-0.4091-0.0005-0.2114-0.1845-0.1677-0.05010.15950.01490.03890.16430.05850.169317.828728.933851.1125
204.84242.26481.4945.45430.45423.0724-0.00530.0603-0.1785-0.1884-0.166-0.21550.75250.35340.16850.22320.06240.01660.13440.02560.086620.17679.408165.3148
212.14311.4580.84581.93740.68674.0086-0.3948-0.7748-0.09510.48820.422-0.64190.34720.73990.02440.16010.1585-0.06910.3475-0.05280.190428.825511.550658.1716
221.2387-0.2334-0.64991.44250.50942.020.0029-0.14220.00380.08330.1064-0.11410.06140.1553-0.0990.07590.0098-0.01110.1216-0.00040.107923.664917.978258.2498
231.86850.37560.68333.57492.68373.3063-0.055-0.2483-0.22390.2655-0.02530.3140.3672-0.23540.06620.1375-0.00640.02870.12520.02270.129610.08317.521165.9913
240.9055-0.2642-0.15251.3694-0.37361.8220.07360.0799-0.1053-0.0001-0.10250.1673-0.1385-0.10540.02550.08110.0148-0.01030.0883-0.01790.10546.952326.952553.5193
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 45:52 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 53:60 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 61:67 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 68:81 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 82:96 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 97:108 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 109:117 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESID 118:128 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESID 129:141 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND (RESID 142:153 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN A AND (RESID 154:163 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN A AND (RESID 164:173 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN A AND (RESID 174:185 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESID 41:52 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND (RESID 53:60 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN B AND (RESID 61:67 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN B AND (RESID 68:81 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN B AND (RESID 82:96 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN B AND (RESID 97:108 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN B AND (RESID 109:117 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN B AND (RESID 118:127 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN B AND (RESID 128:141 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN B AND (RESID 142:153 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN B AND (RESID 154:185 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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