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- PDB-4hqx: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PDGF-BB IN COMPLEX WITH A Modified nuc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hqx
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PDGF-BB IN COMPLEX WITH A Modified nucleotide aptamer (SOMAmer SL4)
要素
  • Platelet-derived growth factor subunit B血小板由来成長因子
  • SOMAmer SL4
キーワードHORMONE/DNA / Growth factor (成長因子) / SELEX / aptamer (アプタマー) / 5-modified deoxyuridine / HORMONE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


metanephric glomerular mesangial cell development / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell dedifferentiation / platelet-derived growth factor complex / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration / negative regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / positive regulation of glomerular filtration / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration by platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / cellular response to mycophenolic acid / superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation ...metanephric glomerular mesangial cell development / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell dedifferentiation / platelet-derived growth factor complex / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration / negative regulation of phosphatidylinositol biosynthetic process / positive regulation of glomerular filtration / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration by platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / cellular response to mycophenolic acid / superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / protein kinase C signaling / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / platelet-derived growth factor binding / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / positive regulation of chemotaxis / interleukin-18-mediated signaling pathway / Signaling by PDGF / 傍分泌 / platelet-derived growth factor receptor binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / positive regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of DNA biosynthetic process / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / monocyte chemotaxis / positive regulation of cell division / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / Non-integrin membrane-ECM interactions / negative regulation of platelet activation / embryonic placenta development / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of protein autophosphorylation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / collagen binding / reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of endothelial cell proliferation / cell chemotaxis / Downstream signal transduction / positive regulation of mitotic nuclear division / negative regulation of miRNA transcription / platelet alpha granule lumen / negative regulation of protein binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / growth factor activity / positive regulation of MAP kinase activity / cellular response to growth factor stimulus / response to wounding / positive regulation of miRNA transcription / Golgi lumen / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Platelet degranulation / PIP3 activates AKT signaling / 遺伝子発現 / heart development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / basolateral plasma membrane / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of cell migration / protein heterodimerization activity / 小胞体 / ゴルジ体 / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / 細胞膜 / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Platelet-derived growth factor, N-terminal / Platelet-derived growth factor, N terminal region / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines ...Platelet-derived growth factor, N-terminal / Platelet-derived growth factor, N terminal region / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / リボン / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Platelet-derived growth factor subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Davies, D.R. / Edwards, T.E. / Janjic, N. / Gelinas, A.D. / Zhang, C. / Jarvis, T.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Unique motifs and hydrophobic interactions shape the binding of modified DNA ligands to protein targets.
著者: Davies, D.R. / Gelinas, A.D. / Zhang, C. / Rohloff, J.C. / Carter, J.D. / O'Connell, D. / Waugh, S.M. / Wolk, S.K. / Mayfield, W.S. / Burgin, A.B. / Edwards, T.E. / Stewart, L.J. / Gold, L. / ...著者: Davies, D.R. / Gelinas, A.D. / Zhang, C. / Rohloff, J.C. / Carter, J.D. / O'Connell, D. / Waugh, S.M. / Wolk, S.K. / Mayfield, W.S. / Burgin, A.B. / Edwards, T.E. / Stewart, L.J. / Gold, L. / Janjic, N. / Jarvis, T.C.
履歴
登録2012年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月19日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Platelet-derived growth factor subunit B
C: SOMAmer SL4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2234
ポリマ－20,1762
非ポリマー472
水1,04558
1
A: Platelet-derived growth factor subunit B
C: SOMAmer SL4
ヘテロ分子

A: Platelet-derived growth factor subunit B
C: SOMAmer SL4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4468
ポリマ－40,3514
非ポリマー954
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area10210 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area18040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.430, 59.430, 168.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Platelet-derived growth factor subunit B / 血小板由来成長因子 / PDGF subunit B / PDGF-2 / Platelet-derived growth factor B chain / Platelet-derived growth factor ...PDGF subunit B / PDGF-2 / Platelet-derived growth factor B chain / Platelet-derived growth factor beta polypeptide / Proto-oncogene c-Sis


分子量: 11645.725 Da / 分子数: 1 / 断片: PDGF-BB, UNP residues 82-109 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01127
#2: DNA鎖 SOMAmer SL4


分子量: 8529.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized oligonucleotide
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.57 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PROPLEX E1: 0.1 M MAGNESIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5, 8% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 289K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979176 / 波長: 0.979176 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979176 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→19.675 Å / Num. obs: 13750 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 50.08 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 19.29
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.572 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CHAIN A of 3MJG

3mjg


解像度: 2.3→19.675 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 8.24 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 679 4.9 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.241 13750 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.33 Å20 Å20 Å2
2--2.33 Å20 Å2
3----4.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.675 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数738 553 2 58 1351
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0181377
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0052.1351968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.101596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.58222.81332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.96515135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.856159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2198
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021886
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.526 45 -
Rwork0.366 824 -
obs--98.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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