[日本語] English
万見
- PDB-4hpg: Crystal structure of a glycosylated beta-1,3-glucanase (HEV B 2),... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hpg
タイトルCrystal structure of a glycosylated beta-1,3-glucanase (HEV B 2), an allergen from Hevea brasiliensis
要素Beta-1,3-glucanase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / ALLERGEN (アレルゲン) / glycoprotein (糖タンパク質) / glycoside hydrolase (グリコシダーゼ) / gh17 family / pathogenesis-related class-2 protein / tim barrel (TIMバレル) / glycosidase hydrolase / carbohydrate/sugar binding / glycosylation (グリコシル化) / pyroglutamic acid (n-terminal residue) / latex
機能・相同性
機能・相同性情報


glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase / glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 17 signature. / Glycoside hydrolase family 17 / Glycosyl hydrolases family 17 / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / (1->3)-beta-glucan endohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Hevea brasiliensis (パラゴムノキ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5364 Å
データ登録者Rodriguez-Romero, A. / Hernandez-Santoyo, A.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural analysis of the endogenous glycoallergen Hev b 2 (endo-beta-1,3-glucanase) from Hevea brasiliensis and its recognition by human basophils.
著者: Rodriguez-Romero, A. / Hernandez-Santoyo, A. / Fuentes-Silva, D. / Palomares, L.A. / Munoz-Cruz, S. / Yepez-Mulia, L. / Orozco-Martinez, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Crystallization and identification of the glycosylated moieties of two isoforms of the main allergen Hev b 2 and preliminary X-ray analysis of two polymorphs of isoform II.
著者: Fuentes-Silva, D. / Mendoza-Hernandez, G. / Stojanoff, V. / Palomares, L.A. / Zenteno, E. / Torres-Larios, A. / Rodriguez-Romero, A.
履歴
登録2012年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年11月27日ID: 3EM5
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 2.02019年12月25日Group: Data collection / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / entity_poly ...chem_comp / entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-1,3-glucanase
B: Beta-1,3-glucanase
C: Beta-1,3-glucanase
D: Beta-1,3-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,4449
ポリマ－141,2764
非ポリマー1,1685
水3,477193
1
B: Beta-1,3-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6862
ポリマ－35,3191
非ポリマー3671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Beta-1,3-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0144
ポリマ－35,3191
非ポリマー6953
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: Beta-1,3-glucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4252
ポリマ－35,3191
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Beta-1,3-glucanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3191
ポリマ－35,3191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.176, 89.778, 101.542
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Beta-1,3-glucanase


分子量: 35319.047 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Para Rubber Tree latex / 由来: (天然) Hevea brasiliensis (パラゴムノキ) / 株: GV-42 / 参照: UniProt: A2TM14, glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase
#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M ammonium acetate, 0.1M trisodium citrate dihydrate, 30%(W/V) polyethylene glycol 4000., pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25.5 Å / Num. all: 49816 / Num. obs: 48122 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 32.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.5-2.642.80.1345.1180.7
3.54-3.954.30.0659.71100
3.95-4.564.30.05710.41100
4.56-5.594.30.056101100
5.59-7.914.30.0616.41100
7.91-25.2140.1034.2196.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CYG

2cyg


解像度: 2.5364→25.208 Å / SU ML: 0.3 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2405 1878 4.05 %
Rwork0.1928 --
obs0.1948 46317 97.14 %
all-49816 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5364→25.208 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9938 0 76 193 10207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01110281
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.48513998
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9563751
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011812
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5364-2.60490.29761100.24152679X-RAY DIFFRACTION76
2.6049-2.68140.3191110.23743149X-RAY DIFFRACTION90
2.6814-2.76790.29441530.23933421X-RAY DIFFRACTION98
2.7679-2.86670.33091470.2363487X-RAY DIFFRACTION100
2.8667-2.98130.30921530.24033544X-RAY DIFFRACTION100
2.9813-3.11670.29141570.23533471X-RAY DIFFRACTION100
3.1167-3.28070.29241290.23913534X-RAY DIFFRACTION100
3.2807-3.48580.2451480.21773507X-RAY DIFFRACTION100
3.4858-3.75410.23161630.1923502X-RAY DIFFRACTION100
3.7541-4.13040.20861520.16583514X-RAY DIFFRACTION100
4.1304-4.72470.19711600.14813517X-RAY DIFFRACTION100
4.7247-5.93980.19511340.16093567X-RAY DIFFRACTION100
5.9398-25.20910.20441610.16213547X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る