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- PDB-4hij: Anti-Streptococcus pneumoniae 23F Fab 023.102 with bound L-rhamno... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hij
タイトルAnti-Streptococcus pneumoniae 23F Fab 023.102 with bound L-rhamnose-(1-2)-alpha-D-galactose-(3-O)-phosphate-2-glycerol
要素
  • Fab 023.102 heavy chain
  • Fab 023.102 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Immunoglobin (抗体) / Antibody (抗体) / Streptococcus pneumoniae 23F
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / リン酸塩
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Bryson, S. / Risnes, L. / Damgupta, S. / Thomson, C.A. / Schrader, J.W. / Pai, E.F.
引用ジャーナル: J. Immunol. / 年: 2016
タイトル: Structures of Preferred Human IgV Genes-Based Protective Antibodies Identify How Conserved Residues Contact Diverse Antigens and Assign Source of Specificity to CDR3 Loop Variation.
著者: Bryson, S. / Thomson, C.A. / Risnes, L.F. / Dasgupta, S. / Smith, K. / Schrader, J.W. / Pai, E.F.
履歴
登録2012年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab 023.102 light chain
B: Fab 023.102 heavy chain
C: Fab 023.102 light chain
D: Fab 023.102 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,89010
ポリマ－97,8354
非ポリマー1,0556
水5,747319
1
A: Fab 023.102 light chain
B: Fab 023.102 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4455
ポリマ－48,9172
非ポリマー5273
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18590 Å2
手法PISA
2
C: Fab 023.102 light chain
D: Fab 023.102 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4455
ポリマ－48,9172
非ポリマー5273
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.870, 66.488, 118.214
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-357-

HOH

詳細Fab Fragment

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 ACBD

#1: 抗体 Fab 023.102 light chain


分子量: 23801.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pARC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue
#2: 抗体 Fab 023.102 heavy chain


分子量: 25116.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pARC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue

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糖 , 1種, 2分子

#3: 多糖 alpha-L-rhamnopyranose-(1-2)-methyl beta-D-galactopyranoside


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 340.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LRhapa1-2DGalp[1Me]b1-OMEGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5_1*OC][a2211m-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Rhap]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 323分子

#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.05M Na Citrate, pH 3-4, 18% PEG 3350, 0.2M Li Acetate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年5月14日 / 詳細: Rigaku Osmic VariMax
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→17 Å / Num. all: 60892 / Num. obs: 55118 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.68 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 1.17 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 5329 / % possible all: 67.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4HIE

4hie


解像度: 2.1→17 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.262 2672 RANDOM
Rwork0.249 --
all0.249 60777 -
obs0.249 53389 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6311 0 64 319 6694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007664
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.71957

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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