PDB-4h11: Interaction partners of PSD-93 studied by X-ray crystallography a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4h11

タイトル

Interaction partners of PSD-93 studied by X-ray crystallography and fluorescent polarization spectroscopy

要素

Disks large homolog 2

キーワード

NEUROPEPTIDE / All beta PDZ /

Protein interaction (タンパク質間相互作用) /

PROTEIN BINDING (タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

retrograde axonal protein transport / negative regulation of phosphatase activity / neuronal ion channel clustering / Neurexins and neuroligins / : / anterograde axonal protein transport / structural constituent of postsynaptic density / receptor localization to synapse / cellular response to potassium ion / juxtaparanode region of axon ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Fiorentini, M. / Kastrup, J.S. / Gajhede, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Interaction partners of PSD-93 studied by X-ray crystallography and fluorescence polarization spectroscopy.
著者: Fiorentini, M. / Bach, A. / Stromgaard, K. / Kastrup, J.S. / Gajhede, M.

履歴

登録	2012年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4h11.cif.gz	126.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4h11.ent.gz	102.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4h11.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/4h11 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/4h11	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4nnm-1 1lsx-d 1xj2-d 5i22-d 1dp9-d 4nnm-2 1xj3-d 2owj-d 2k42-d 3cm2-15 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (2) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (2) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Disks large homolog 2

B: Disks large homolog 2

ヘテロ分子

22.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Disks large homolog 2

登録者が定義した集合体
11.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Disks large homolog 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
11.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Disks large homolog 2

ヘテロ分子

A: Disks large homolog 2

ソフトウェアが定義した集合体
22.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.200, 45.550, 104.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Disks large homolog 2 / Channel-associated protein of synapse-110 / Chapsyn-110 / Postsynaptic density protein PSD-93 分子量: 11101.501 Da / 分子数: 2 / 断片: PDZ1: unp residues 93-188 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Dlg2, Dlgh2 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)pLYsS / 参照: UniProt: Q63622
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.7 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: Crystallization of PSD-93 PDZ1ext was performed using the hanging-drop vapor diffusion technique by mixing 1 microliter of a 2 mg/ml protein solution (PBS buffer) and 1 l reservoir solution ...詳細: Crystallization of PSD-93 PDZ1ext was performed using the hanging-drop vapor diffusion technique by mixing 1 microliter of a 2 mg/ml protein solution (PBS buffer) and 1 l reservoir solution (0.2 M lithium sulfate, 20% PEG 1000, 0.1 M citric acid/sodium hydrogen phosphate pH 4.2. The reservoir volume was 500 microliter, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

結晶

マシュー密度: 1.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.7 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: Crystallization of PSD-93 PDZ1ext was performed using the hanging-drop vapor diffusion technique by mixing 1 microliter of a 2 mg/ml protein solution (PBS buffer) and 1 l reservoir solution ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月16日
放射	モノクロメーター: FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→28 Å / Num. all: 19048 / Num. obs: 19048 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 1.67→1.73 Å / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.67→28 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	974	5.16 %	Random
R_work	0.1716	-	-	-
obs	0.1738	18859	99.03 %	-
all	-	18859	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1544	0	9	173	1726

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	1604
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.253	2174
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.13	612
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	247
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	293

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.67-1.758	0.277	141	0.2082	2518	X-RAY DIFFRACTION	100
1.758-1.8682	0.2288	144	0.1962	2502	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8682-2.0124	0.2345	148	0.1835	2527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0124-2.2148	0.2235	116	0.1586	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2148-2.5351	0.2082	138	0.1698	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5351-3.1933	0.2126	160	0.1635	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1933-28.0055	0.1886	127	0.1676	2605	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4828	0.1562	0.4081	0.2657	0.0545	0.3554	0.0263	-0.049	0.1889	-0.0245	-0.0759	0.0943	-0.2389	-0.263	-0.1054	0.2056	0.0776	0.0243	0.0898	0.0504	0.1431	-1.7138	18.6946	34.8609
2	0.2484	-0.0751	0.1924	0.0509	-0.033	0.1346	-0.1144	-0.0132	-0.2337	-0.0605	-0.0221	-0.0427	0.1101	0.0638	-0.0302	0.1236	-0.0073	0.0455	0.0986	-0.0032	0.1303	4.7397	5.0392	37.1947
3	0.0377	0.0376	-0.0437	0.0731	0.0591	0.1723	0.0751	0.1639	0.0064	-0.0584	-0.0186	0.0712	-0.0804	-0.3424	0.0037	0.1175	-0.0157	0.0324	0.1748	-0.0231	0.1573	-8.6155	8.124	38.8832
4	0.0469	0.0199	0.0232	0.0576	-0.0099	0.0124	-0.0323	0.0694	0.1248	-0.0889	-0.0394	-0.1163	-0.2388	0.0818	-0.0418	0.127	-0.0162	-0.0009	0.0726	-0.0068	0.1007	7.7395	14.5813	41.9795
5	0.002	0.0013	-0.0032	0.0036	0.0056	0.0074	0.069	-0.2173	-0.0226	-0.0075	0.0137	-0.0477	0.0746	0.0153	0.0028	0.1109	0.0463	0.0001	0.1373	0.0275	0.1247	9.0755	5.4698	45.138
6	0.3536	0.168	0.1209	0.092	0.0911	0.1293	-0.0847	-0.2299	0.189	-0.1825	-0.0695	0.0161	0.0756	-0.0811	-0.0622	0.1385	0.0019	0.0176	0.1254	0.0002	0.0772	0.2319	13.8688	43.8513
7	0.1872	0.1133	0.0741	0.0683	0.0446	0.0269	0.2251	-0.1909	-0.2754	0.051	0.0786	-0.2662	0.034	0.0734	0.1216	0.2748	-0.0727	0.0215	0.3083	0.1339	0.3146	-4.2692	20.4351	17.8923
8	1.2783	0.2209	0.6546	0.0734	0.0672	0.401	-0.0427	-0.1557	0.2105	-0.4472	-0.1432	-0.1493	-0.0911	-0.0762	-0.0981	0.2803	0.0333	0.0701	0.106	0.0307	0.1822	-18.1048	-4.7823	35.3927
9	0.0719	0.029	0.0518	0.0033	0.0299	0.2035	0.0141	-0.3988	0.0633	0.0789	-0.0425	0.0378	0.0837	-0.0271	0.0043	0.1736	0.0281	0.0369	0.1484	-0.0001	0.1743	-16.9352	-19.2435	45.7718
10	0.6137	-0.0185	0.2069	-0.0007	-0.0049	0.0782	-0.2322	0.2076	0.1795	-0.1309	0.2039	-0.1375	0.2381	0.1734	-0.0305	0.204	0.0036	0.0417	0.1542	0.0009	0.1052	-2.2461	-15.8953	31.1911
11	0.1449	-0.1577	0.0662	0.1217	-0.098	0.2227	-0.0939	-0.1225	0.0462	-0.149	0.0713	0.0179	-0.0255	-0.245	0.0395	0.068	0.012	0.0096	0.0709	-0.0095	0.0837	-19.2395	-14.8581	37.8534
12	0.0449	0.0378	-0.0129	0.0385	0.0168	0.0215	-0.0498	-0.3514	0.1443	-0.0346	-0.0033	-0.0288	0.0431	0.1776	-0	0.1246	0.0309	-0.0026	0.1567	-0.025	0.1772	-5.8769	-12.5455	44.0306
13	0.0232	0.0914	0.024	0.3863	0.1071	0.0308	0.125	-0.3271	0.2853	-0.1653	0.0033	0.0828	0.0046	-0.0837	0.0047	0.1318	0.0012	0.0322	0.2298	-0.004	0.1491	-15.8041	-9.2453	44.4513
14	0.006	-0.0117	0.0018	0.0143	-0.007	0.014	-0.1228	-0.0563	-0.0644	0.0418	-0.0114	-0.1032	0.0731	0.0102	-0.0002	0.3234	-0.1106	0.0081	0.2443	0.0071	0.1892	-21.1233	-2.8999	18.1454

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 91 through 102 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 103 through 132 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 133 through 148 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 149 through 162 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 163 through 171 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 172 through 184 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 185 through 192 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 92 through 102 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 103 through 114 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 115 through 126 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 127 through 153 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 154 through 171 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 172 through 184 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 185 through 192 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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