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- PDB-4gs1: Crystal structure of DyP-type peroxidase from Thermobifida cellul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4gs1
タイトルCrystal structure of DyP-type peroxidase from Thermobifida cellulosilytica
要素DyP-type peroxidaseDye decolorizing peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ferridoxin-like
機能・相同性
機能・相同性情報


dye decolorizing peroxidase / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / DyP-type peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermobifida cellulosilytica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lukk, T. / Hetta, A.M.A. / Jones, A. / Solbiati, J. / Majumdar, S. / Cronan, J.E. / Gerlt, J.A. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: DyP-type peroxidases from Stretptomyces and Thermobifida can modify organosolv lignin.
著者: Lukk, T. / Hetta, A.M.A. / Jones, A. / Solbiati, J. / Majumdar, S. / Cronan, J.E. / Gerlt, J.A. / Nair, S.K.
履歴
登録2012年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DyP-type peroxidase
B: DyP-type peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,4029
ポリマ－84,8282
非ポリマー1,5737
水16,484915
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7800 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area29170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.680, 91.190, 110.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DyP-type peroxidase / Dye decolorizing peroxidase


分子量: 42414.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermobifida cellulosilytica (バクテリア)
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: U3KRF5*PLUS, dye decolorizing peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド / 酸素


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 915 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.78 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution was at 15 mg/mL, containing 20 mM Tris and 150 mM NaCl. Mother liqueur contained 170 mM (NH4)2SO4, 25.5% PEG 4,000 and 15% (w/v) glycerol, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月15日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 97818 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 28.602 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 12.93
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.7-1.740.4772.64975813894199.9
1.74-1.790.3933.445464113624199.9
1.79-1.840.3134.4556183131841100
1.84-1.90.2435.6455014128681100
1.9-1.960.1837.285310312413199.9
1.96-2.030.1478.8451517120061100
2.03-2.110.11910.6349939116441100
2.11-2.190.09812.6747963111381100
2.19-2.290.08813.8746103106951100
2.29-2.40.07915.5444251102491100
2.4-2.530.07316.54421039738199.9
2.53-2.690.06618.483974191931100
2.69-2.870.06219.963745686451100
2.87-3.10.05721.83483180491100
3.1-3.40.05423.423208274081100
3.4-3.80.05224.82290886720199.9
3.8-4.390.05125.552554359011100
4.39-5.380.05225.962150249701100
5.38-7.60.05225.56166473856199.9
7.6-200.05326.1482911981194.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.8_1066精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2GVK

2gvk


解像度: 1.7→19.914 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.32 / FOM work R set: 0.9127 / SU ML: 0.14 / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 15.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1738 4891 5 %random
Rwork0.1457 ---
all0.171 97913 --
obs0.1471 97818 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.74 Å2 / Biso mean: 24.7093 Å2 / Biso min: 7.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.914 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5673 0 108 915 6696
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1098222
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079872
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061121
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3762207
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.7-1.71930.23951610.193230713232
1.7193-1.73960.21681590.17730203179
1.7396-1.76080.24271620.176430803242
1.7608-1.7830.20711620.16930743236
1.783-1.80650.1941620.16230723234
1.8065-1.83120.21431610.158130633224
1.8312-1.85740.18191620.153430703232
1.8574-1.88510.21591600.146830533213
1.8851-1.91450.18751620.148730723234
1.9145-1.94590.19331620.144430883250
1.9459-1.97940.16491610.145230463207
1.9794-2.01530.19141620.156230923254
2.0153-2.05410.18381610.142830523213
2.0541-2.09590.19271630.145230863249
2.0959-2.14150.18241620.14730953257
2.1415-2.19120.17261610.145630543215
2.1912-2.24590.19481640.151431163280
2.2459-2.30660.17011620.144230853247
2.3066-2.37440.18511620.143730593221
2.3744-2.45090.19371620.154130933255
2.4509-2.53830.19611640.154231113275
2.5383-2.63970.17751630.149630943257
2.6397-2.75950.17021650.156231353300
2.7595-2.90460.17071620.157730853247
2.9046-3.0860.17891650.155731213286
3.086-3.32320.18721640.148731293293
3.3232-3.65580.1541660.136731563322
3.6558-4.18060.12731660.127431523318
4.1806-5.2510.15371680.117431903358
5.251-19.91560.16231750.151633133488
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3831-0.42530.25680.6259-0.35340.31850.0270.06090.11330.0743-0.1243-0.1911-0.09050.1484-0.01950.1392-0.0254-0.02320.16370.03430.156524.55561.3991-9.5507
20.4979-0.15550.08910.4066-0.03190.6310.0221-0.0411-0.01280.0472-0.035-0.01990.01330.022700.119-0.0142-0.01550.11590.01370.101914.3489-8.0319-1.1088
30.44820.15360.22330.30760.00440.47470.0512-0.0243-0.07850.0483-0.0686-0.04840.06790.01430.00220.129-0.0246-0.02480.11810.03780.113112.1869-14.04642.5073
40.05330.0248-0.0797-0.0396-0.00450.0896-0.1364-0.20080.23280.0682-0.04070.1105-0.4831-0.1951-0.00040.27740.0482-0.00760.1534-0.03540.1955-2.207619.4201-7.253
50.2506-0.23920.15090.2997-0.26170.15430.0057-0.107-0.06770.150.01110.2230.0608-0.1112-0.00710.1333-0.01570.06150.1894-0.0130.2273-17.44120.2682-14.1437
60.0761-0.07030.0460.11350.03850.01190.0111-0.1045-0.16720.08960.10820.0701-0.0979-0.196100.1605-0.00260.0180.1637-0.00180.1879-9.64566.0202-9.4052
70.2453-0.023-0.13540.6954-0.24560.1418-0.02160.0326-0.05020.03050.03320.07790.0761-0.0657-00.1024-0.01510.01470.1243-0.01190.1363-8.92911.2692-20.814
80.23350.38340.01010.3754-0.18260.16490.05370.0530.13160.1635-0.07510.0486-0.135-0.0140.00080.16860.02340.01130.1038-0.0040.15164.089820.7618-19.1474
90.15840.287-0.00810.3306-0.12710.1805-0.02220.01310.0894-0.02620.05860.13390.0218-0.10210.03960.09880.0389-0.00180.16090.01340.2055-14.792612.3963-27.0542
100.04040.09370.03840.06220.03320.04010.02180.1187-0.1758-0.1982-0.0928-0.29260.13040.3493-0.00010.14280.02880.02760.20360.02080.173919.480510.2754-31.9043
110.08120.0717-0.00380.0494-0.0450.03150.07510.02060.08430.0073-0.1284-0.1337-0.22990.141800.17690.0003-0.00350.15890.04260.166813.663526.6079-28.2473
120.25830.10020.00360.239-0.1040.45590.01940.0154-0.0071-0.1042-0.035-0.03330.04230.05680.04450.11170.0390.01190.09240.01680.09937.773614.5238-32.7016
130.18290.3260.10950.7749-0.16980.3203-0.04410.07740.00030.01090.03460.1182-0.0091-0.1001-0.00020.11220.0330.00570.1310.01420.1344-6.963510.1131-28.1498
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 53:151)A0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 152:319)A0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 320:427)A0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 53:82)B0
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 83:123)B0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 124:151)B0
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 152:218)B0
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 219:256)B0
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 257:282)B0
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 283:299)B0
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 300:319)B0
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 320:368)B0
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESID 369:428)B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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