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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4grc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of DyP-type peroxidase (SCO2276) from Streptomyces coelicolor | ||||||
要素 | Putative membrane protein膜タンパク質 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ferridoxin-like | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 iron import into cell / ferrochelatase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces coelicolor (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Lukk, T. / Hetta, A.M.A. / Jones, A. / Solbiati, J. / Majumdar, S. / Cronan, J.E. / Gerlt, J.A. / Nair, S.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: DyP-type peroxidases from Stretptomyces and Thermobifida can modify organosolv lignin. 著者: Lukk, T. / Hetta, A.M.A. / Jones, A. / Solbiati, J. / Majumdar, S. / Cronan, J.E. / Gerlt, J.A. / Nair, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4grc.cif.gz | 97.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4grc.ent.gz | 69.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4grc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/4grc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/4grc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46750.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア) 株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO2276 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RKQ2, dye decolorizing peroxidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#4: 化合物 | ChemComp-PEO / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % |
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結晶化 | 温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Mother liqueur contained 0.2M CaCl2, 0.1M Hepes (pH 7.5) and 28% PEG400. Protein concentration was 15 mg/mL in a buffer containing 100 mM KCl and 50 mM Hepes 8.0. 0.5 uL protein was mixed ...詳細: Mother liqueur contained 0.2M CaCl2, 0.1M Hepes (pH 7.5) and 28% PEG400. Protein concentration was 15 mg/mL in a buffer containing 100 mM KCl and 50 mM Hepes 8.0. 0.5 uL protein was mixed with equal volume of mother liqueur, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 282K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月22日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 数: 643289 / Rmerge(I) obs: 0.095 / D res high: 2 Å / Num. obs: 66865 / % possible obs: 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 35482 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 23.97 Å2 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 19.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2GVK 解像度: 2→29.283 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8894 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: thorough / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 17.68 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.93 Å2 / Biso mean: 24.2439 Å2 / Biso min: 4.59 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→29.283 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %
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