+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ggf | ||||||
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Title | Crystal structure of Mn2+ bound calprotectin | ||||||
Components | (Protein S100- ...) x 2 | ||||||
Keywords | ANTIMICROBIAL PROTEIN / S100 / EF-hand | ||||||
Function / homology | Function and homology information S100A9 complex / regulation of integrin biosynthetic process / sequestering of zinc ion / calprotectin complex / neutrophil aggregation / positive regulation of peptide secretion / regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / modulation of process of another organism / autocrine signaling / Toll-like receptor 4 binding ...S100A9 complex / regulation of integrin biosynthetic process / sequestering of zinc ion / calprotectin complex / neutrophil aggregation / positive regulation of peptide secretion / regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / modulation of process of another organism / autocrine signaling / Toll-like receptor 4 binding / chronic inflammatory response / peptidyl-cysteine S-trans-nitrosylation / Metal sequestration by antimicrobial proteins / leukocyte migration involved in inflammatory response / peptide secretion / Regulation of TLR by endogenous ligand / RAGE receptor binding / astrocyte development / MyD88 deficiency (TLR2/4) / arachidonic acid binding / intermediate filament cytoskeleton / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / response to zinc ion / regulation of toll-like receptor signaling pathway / regulation of cytoskeleton organization / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / antioxidant activity / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / endothelial cell migration / defense response to fungus / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / neutrophil chemotaxis / autophagy / positive regulation of neuron projection development / positive regulation of inflammatory response / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / calcium-dependent protein binding / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cell-cell signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / ER-Phagosome pathway / positive regulation of cell growth / microtubule binding / secretory granule lumen / collagen-containing extracellular matrix / response to ethanol / response to lipopolysaccharide / cytoskeleton / defense response to bacterium / inflammatory response / innate immune response / apoptotic process / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Damo, S.M. / Fritz, G. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2013 Title: Molecular basis for manganese sequestration by calprotectin and roles in the innate immune response to invading bacterial pathogens. Authors: Damo, S.M. / Kehl-Fie, T.E. / Sugitani, N. / Holt, M.E. / Rathi, S. / Murphy, W.J. / Zhang, Y. / Betz, C. / Hench, L. / Fritz, G. / Skaar, E.P. / Chazin, W.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ggf.cif.gz | 359.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ggf.ent.gz | 295 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ggf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/4ggf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/4ggf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1xk4S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein S100- ... , 2 types, 8 molecules AKSUCLTV
#1: Protein | Mass: 10837.463 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: S100A8, CAGA, CFAG, MRP8 / Plasmid: pET1120 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P05109 #2: Protein | Mass: 13247.955 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: S100A9, CAGB, CFAG, MRP14 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P06702 |
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-Non-polymers , 5 types, 516 molecules
#3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-MN / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.78 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: PEG 3350, lithium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Nov 11, 2011 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. all: 126186 / Num. obs: 124149 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 16.81 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1xk4 Resolution: 1.6→47.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.492 / SU ML: 0.059 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.082 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.05 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→47.64 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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