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- PDB-4g6h: Crystal structure of NDH with NADH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g6h
タイトルCrystal structure of NDH with NADH
要素Rotenone-insensitive NADH-ubiquinone oxidoreductase, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / electron transfer (電子移動反応) / FAD / NADH (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド)
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH:quinone reductase (non-electrogenic) / NADH oxidation / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / ミトコンドリア内膜 / oxidoreductase activity / ミトコンドリアマトリックス / positive regulation of apoptotic process / ミトコンドリア / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Alternative NADH dehydrogenase / FAD/NAD(P)-binding domain - #100 / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Rotenone-insensitive NADH-ubiquinone oxidoreductase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.262 Å
データ登録者Li, W. / Feng, Y. / Ge, J. / Yang, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Structural insight into the type-II mitochondrial NADH dehydrogenases.
著者: Feng, Y. / Li, W. / Li, J. / Wang, J. / Ge, J. / Xu, D. / Liu, Y. / Wu, K. / Zeng, Q. / Wu, J.W. / Tian, C. / Zhou, B. / Yang, M.
履歴
登録2012年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references
改定 1.22013年11月6日Group: Non-polymer description
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rotenone-insensitive NADH-ubiquinone oxidoreductase, mitochondrial
B: Rotenone-insensitive NADH-ubiquinone oxidoreductase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,19612
ポリマ－112,1482
非ポリマー3,04810
水9,818545
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10040 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area38080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.187, 229.588, 111.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-722-

HOH

21A-791-

HOH

31A-855-

HOH

41B-793-

HOH

51B-820-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 42:513 OR RESSEQ 701:701 )
211CHAIN B AND (RESSEQ 42:513 OR RESSEQ 601:601 )

-
要素

#1: タンパク質 Rotenone-insensitive NADH-ubiquinone oxidoreductase, mitochondrial / Internal NADH dehydrogenase


分子量: 56074.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: NDI1, YML120C, YM7056.06C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P32340, NADH:quinone reductase (non-electrogenic)
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.95 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 3.8M potassium formate, 2% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2000, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月24日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 77170 / Num. obs: 75053 / % possible obs: 71.9 %
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.25-2.331100
2.33-2.421100
2.42-2.531100
2.53-2.671100
2.67-2.831100
2.83-3.051100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G6G

4g6g


解像度: 2.262→43.15 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2251 3777 5.03 %
Rwork0.1933 --
obs0.1949 55454 98.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.583 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.3929 Å2-0 Å2-0 Å2
2---3.5793 Å20 Å2
3----6.8136 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.262→43.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7476 0 200 545 8221
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018051
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33610941
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.8623172
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0811219
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051344
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3738X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B3738X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.058
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2621-2.29070.36341050.2887217082
2.2907-2.32090.33321170.273253396
2.3209-2.35270.34341270.2743261398
2.3527-2.38630.30311410.2735264599
2.3863-2.42190.30051540.26372629100
2.4219-2.45970.29671580.24782614100
2.4597-2.50.29651410.24882621100
2.5-2.54320.27291490.24692651100
2.5432-2.58940.27241370.23252631100
2.5894-2.63920.2561400.21212656100
2.6392-2.69310.23091150.21392676100
2.6931-2.75160.25851220.20532645100
2.7516-2.81560.25181700.21162652100
2.8156-2.8860.25391330.21022654100
2.886-2.9640.25871430.20422649100
2.964-3.05120.21321180.19472679100
3.0512-3.14970.21481540.19952643100
3.1497-3.26220.19571350.19622680100
3.2622-3.39280.21391470.18292656100
3.3928-3.54710.21041350.17512692100
3.5471-3.7340.19991470.15972680100
3.734-3.96780.20891210.15692683100
3.9678-4.27390.19111660.14582654100
4.2739-4.70350.16061460.14082693100
4.7035-5.38310.18441580.1571268199
5.3831-6.77780.22781560.2124269699
6.7778-43.15740.22471420.2064280098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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