PDB-4g4k: Structure of the Staphylococcus aureus AgrA LytTR Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4g4k

タイトル

Structure of the Staphylococcus aureus AgrA LytTR Domain

要素

Accessory gene regulator protein A

キーワード

DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / AgrA /

Response Regulator / Activator /

Transcription Factor (転写因子) /

Phosphoprotein /

transcription regulation /

two-component system / LytTR domain

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay response regulator activity /

DNA binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Leonard, P.G. / Bezar, I.F. / Stock, A.M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Identification of a Hydrophobic Cleft in the LytTR Domain of AgrA as a Locus for Small Molecule Interactions That Inhibit DNA Binding.
著者: Leonard, P.G. / Bezar, I.F. / Sidote, D.J. / Stock, A.M.

履歴

登録	2012年7月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年12月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月2日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4g4k.cif.gz	61 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4g4k.ent.gz	44.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4g4k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/4g4k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/4g4k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bs1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6oc8-1 1j4r-1 4whc-2 4b41-1 4j3e-d 6oc8-3 1xed-6 4j7z-6 7ad0-4 5c9k-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (6) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Accessory gene regulator protein A

B: Accessory gene regulator protein A

ヘテロ分子

25 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Accessory gene regulator protein A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Accessory gene regulator protein A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.414, 45.894, 112.138
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Accessory gene regulator protein A 分子量: 12357.919 Da / 分子数: 2 / 断片: AgrA LytTR domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: agr, agrA / プラスミド: pET9a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: P0A0I7
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.95 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100 mM Tris, 150 mM LiSO4, 11% (w/v) PEG 4000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月18日 / 詳細: VARIMAX HR

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54178 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.52→25 Å / Num. all: 32840 / Num. obs: 32840 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / R_sym value: 0.045 / Χ²: 1.659 / Net I/σ(I): 16.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	R_sym value	Χ²	% possible all
1.52-1.55	2.7	2	1490	0.563	1.345	89.8
1.55-1.57	3.1	2.6	1548	0.514	1.452	93.7
1.57-1.6	3.2	3.3	1591	0.425	1.418	95.6
1.6-1.64	3.3	4.2	1567	0.355	1.462	94.4
1.64-1.67	3.3	4.8	1613	0.309	1.426	96.8
1.67-1.71	3.3	5.9	1577	0.265	1.562	95.4
1.71-1.75	3.3	7.4	1624	0.21	1.572	97
1.75-1.8	3.3	8.9	1616	0.185	1.657	97.2
1.8-1.86	3.3	10.7	1617	0.157	1.648	97.1
1.86-1.91	3.3	12.7	1614	0.135	1.8	96.9
1.91-1.98	3.4	15.6	1662	0.11	1.768	98.5
1.98-2.06	3.4	19.9	1663	0.088	1.822	98.3
2.06-2.16	3.4	24.2	1631	0.071	1.833	98.7
2.16-2.27	3.5	28.1	1655	0.061	1.86	98.6
2.27-2.41	3.5	30.9	1693	0.055	1.846	99
2.41-2.6	3.5	33.7	1689	0.049	1.793	99.5
2.6-2.86	3.5	39	1701	0.042	1.812	99.9
2.86-3.27	3.5	46.3	1738	0.034	1.823	100
3.27-4.12	3.5	50.6	1747	0.027	1.68	99.9
4.12-25	3.3	52	1804	0.022	1.332	97.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	20.72 Å
Translation	2.5 Å	20.72 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
RESOLVE		位相決定
PHENIX	1.8_1066	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
StructureStudio		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BS1

3bs1

解像度: 1.52→20.716 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU ML: 0.17 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 21.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2086	1600	5.01 %	Random selection
R_work	0.1798	-	-	-
obs	0.1813	31964	94.79 %	-
all	-	32797	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.79 Å² / B_iso mean: 22.163 Å² / B_iso min: 9.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→20.716 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1677	0	18	254	1949

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1755
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.048	2357
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	248
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	306
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.135	676

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.52-1.569	0.3638	116	0.3159	2347	2463	2463	82
1.569-1.6251	0.2681	136	0.242	2573	2709	2706	89
1.6251-1.6901	0.231	145	0.2129	2637	2782	2782	92
1.6901-1.767	0.2308	142	0.1948	2709	2851	2851	93
1.767-1.8601	0.2084	146	0.1818	2717	2863	2863	95
1.8601-1.9766	0.2187	147	0.1754	2785	2932	2932	96
1.9766-2.1291	0.2492	149	0.1661	2815	2964	2964	98
2.1291-2.3431	0.1915	150	0.1713	2845	2995	2995	98
2.3431-2.6815	0.1931	153	0.1858	2913	3066	3066	99
2.6815-3.376	0.2065	155	0.1791	2947	3102	3102	100
3.376-20.7178	0.1899	161	0.1657	3076	3237	3237	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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