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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4g2c | ||||||
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タイトル | DyP2 from Amycolatopsis sp. ATCC 39116 | ||||||
要素 | DyP2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Dye peroxidase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dye decolorizing peroxidase / versatile peroxidase / reactive-black-5:hydrogen-peroxide oxidoreductase activity / : / peroxidase / peroxidase activity / manganese ion binding / heme binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Amycolatopsis sp. ATCC 39116 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Brown, M.E. / Barros, T. / Chang, M.C.Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2012 タイトル: Identification and characterization of a multifunctional dye peroxidase from a lignin-reactive bacterium. 著者: Brown, M.E. / Barros, T. / Chang, M.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4g2c.cif.gz | 206 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4g2c.ent.gz | 163.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4g2c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4g2c_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4g2c_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4g2c_validation.xml.gz | 41 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4g2c_validation.cif.gz | 58.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/4g2c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g2/4g2c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2d3qS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53519.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Amycolatopsis sp. ATCC 39116 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-T1R(DE3) / 参照: UniProt: K7N5M8*PLUS, 酸化還元酵素 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ACT / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.38 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 100 mM sodium acetate, pH 5.0, 22 mM manganese chloride, 8% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月6日 |
放射 | モノクロメーター: double flat crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.116 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→49.04 Å / Num. all: 45753 / Num. obs: 45753 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 33.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 13 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 6301 / % possible all: 95 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2D3Q 解像度: 2.25→49.04 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.68 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.918 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→49.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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