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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4g0x | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Arabidopsis thaliana AGO1 MID domain | ||||||
要素 | Protein argonaute 1 | ||||||
キーワード | GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / MID domain / small RNA 5' nucleotide recognition | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adaxial/abaxial pattern specification / adventitious root development / auxin metabolic process / leaf morphogenesis / leaf proximal/distal pattern formation / RNAi-mediated antiviral immune response / leaf vascular tissue pattern formation / response to far red light / RNA干渉 / response to auxin ...adaxial/abaxial pattern specification / adventitious root development / auxin metabolic process / leaf morphogenesis / leaf proximal/distal pattern formation / RNAi-mediated antiviral immune response / leaf vascular tissue pattern formation / response to far red light / RNA干渉 / response to auxin / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / siRNA binding / miRNA binding / RNA endonuclease activity / regulation of translation / defense response to virus / single-stranded RNA binding / 細胞分化 / ribonucleoprotein complex / 自然免疫系 / mRNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Frank, F. / Hauver, J. / Sonenberg, N. / Nagar, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2012 タイトル: Arabidopsis Argonaute MID domains use their nucleotide specificity loop to sort small RNAs. 著者: Frank, F. / Hauver, J. / Sonenberg, N. / Nagar, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4g0x.cif.gz | 71.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4g0x.ent.gz | 57.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4g0x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/4g0x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/4g0x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16673.633 Da / 分子数: 1 / 断片: MID domain, UNP residues 593-738 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: AGO1, At1g48410, F11A17.3, T1N15.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: O04379 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.73 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M citric acid, 2 M ammonium sulfate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月27日 |
放射 | モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→30 Å / Num. all: 36996 / Num. obs: 35331 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.4 Å / % possible all: 71.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.35→22.67 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.38 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→22.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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