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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4g0o | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Arabidopsis thaliana AGO5 MID domain | ||||||
要素 | Protein argonaute 5 | ||||||
キーワード | GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / MID domain / small RNA 5' nucleotide recognition | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 defense response to other organism => GO:0098542 / RNAi-mediated antiviral immune response => GO:0009616 / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / response to virus / regulation of translation / RNA binding / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.186 Å | ||||||
データ登録者 | Frank, F. / Hauver, J. / Sonenberg, N. / Nagar, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2012 タイトル: Arabidopsis Argonaute MID domains use their nucleotide specificity loop to sort small RNAs. 著者: Frank, F. / Hauver, J. / Sonenberg, N. / Nagar, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4g0o.cif.gz | 67.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4g0o.ent.gz | 50.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4g0o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/4g0o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g0/4g0o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15478.266 Da / 分子数: 2 / 断片: MID domain, UNP residues 562-699 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: AGO5, At2g27880, T1E2.20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q9SJK3 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.84 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, 30% PEG4000, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月8日 |
放射 | モノクロメーター: Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 17087 / Num. obs: 16181 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / % possible all: 88 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.186→33.02 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.52 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.31 Å2 / ksol: 0.315 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.186→33.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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