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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fp8 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of broadly neutralizing antibody C05 bound to H3 influenza hemagglutinin, HA1 subunit | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ウイルス性) / viral fusion protein / immunoglobulin (抗体) / virus attachment and entry / immune recognition (免疫系) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.947 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Ekiert, D.C. / Wilson, I.A. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2012 タイトル: Cross-neutralization of influenza A viruses mediated by a single antibody loop. 著者: Damian C Ekiert / Arun K Kashyap / John Steel / Adam Rubrum / Gira Bhabha / Reza Khayat / Jeong Hyun Lee / Michael A Dillon / Ryann E O'Neil / Aleksandr M Faynboym / Michael Horowitz / ...著者: Damian C Ekiert / Arun K Kashyap / John Steel / Adam Rubrum / Gira Bhabha / Reza Khayat / Jeong Hyun Lee / Michael A Dillon / Ryann E O'Neil / Aleksandr M Faynboym / Michael Horowitz / Lawrence Horowitz / Andrew B Ward / Peter Palese / Richard Webby / Richard A Lerner / Ramesh R Bhatt / Ian A Wilson / 要旨: Immune recognition of protein antigens relies on the combined interaction of multiple antibody loops, which provide a fairly large footprint and constrain the size and shape of protein surfaces that ...Immune recognition of protein antigens relies on the combined interaction of multiple antibody loops, which provide a fairly large footprint and constrain the size and shape of protein surfaces that can be targeted. Single protein loops can mediate extremely high-affinity binding, but it is unclear whether such a mechanism is available to antibodies. Here we report the isolation and characterization of an antibody called C05, which neutralizes strains from multiple subtypes of influenza A virus, including H1, H2 and H3. X-ray and electron microscopy structures show that C05 recognizes conserved elements of the receptor-binding site on the haemagglutinin surface glycoprotein. Recognition of the haemagglutinin receptor-binding site is dominated by a single heavy-chain complementarity-determining region 3 loop, with minor contacts from heavy-chain complementarity-determining region 1, and is sufficient to achieve nanomolar binding with a minimal footprint. Thus, binding predominantly with a single loop can allow antibodies to target small, conserved functional sites on otherwise hypervariable antigens. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4fp8.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4fp8.ent.gz | 955.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4fp8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/4fp8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/4fp8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-抗体 , 2種, 8分子 HIJKLMNO
#2: 抗体 | 分子量: 25474.379 Da / 分子数: 4 / 断片: Fab / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 23367.018 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 Freestyle / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 12分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 30731.434 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 59-325 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q91MA7 #6: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-糖 , 2種, 3分子
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#5: 糖 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.49 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 10% w/v PEG3000, 200 mM zinc acetate, 100 mM sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月10日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.921→50 Å / Num. obs: 84287 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 69.9 Å2 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 10.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.921→3.06 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.58 / % possible all: 97.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRIES 4FNK AND 4FNL 解像度: 2.947→44.495 Å / SU ML: 0.77 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.66 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 24.708 Å2 / ksol: 0.299 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.947→44.495 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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