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万見
- PDB-4flo: Crystal structure of Amylosucrase double mutant A289P-F290C from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4flo
タイトルCrystal structure of Amylosucrase double mutant A289P-F290C from Neisseria polysaccharea
要素Amylosucraseアミロスクラーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / BETA/ALPHA-BARREL / GLYCOSIDE HYDROLASE (グリコシダーゼ) / AMYLOSE SYNTHESIS / SUCROSE ISOMERIZATION / GLUCOSYLTRANSFERASE / CARBOHYDRATE (炭水化物)
機能・相同性
機能・相同性情報


アミロスクラーゼ / amylosucrase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Amylosucrase, catalytic domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II ...Amylosucrase, catalytic domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アミロスクラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria polysaccharea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Guerin, F. / Champion, E. / Moulis, C. / Barbe, S. / Tran, T.H. / Morel, S. / Descroix, K. / Monsan, P. / Mulard, L.A. / Remaud-Simeon, M. ...Guerin, F. / Champion, E. / Moulis, C. / Barbe, S. / Tran, T.H. / Morel, S. / Descroix, K. / Monsan, P. / Mulard, L.A. / Remaud-Simeon, M. / Andre, I. / Mourey, L. / Tranier, S.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Applying pairwise combinations of amino Acid mutations for sorting out highly efficient glucosylation tools for chemo-enzymatic synthesis of bacterial oligosaccharides.
著者: Champion, E. / Guerin, F. / Moulis, C. / Barbe, S. / Tran, T.H. / Morel, S. / Descroix, K. / Monsan, P. / Mourey, L. / Mulard, L.A. / Tranier, S. / Remaud-Simeon, M. / Andre, I.
履歴
登録2012年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amylosucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2276
ポリマ－71,5461
非ポリマー6815
水10,413578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.030, 115.980, 60.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1130-

HOH

21A-1196-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Amylosucrase / アミロスクラーゼ


分子量: 71546.078 Da / 分子数: 1 / 断片: Amylosucrase (unp residues 13-636) / 変異: A289P, F290C, E328Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria polysaccharea (バクテリア)
遺伝子: ams / プラスミド: pGEX6p3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q9ZEU2, アミロスクラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 578 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30% PEG 6000, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月13日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→38.66 Å / Num. all: 35098 / Num. obs: 35028 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 5007 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G5A

1g5a


解像度: 2.2→13.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 5.082 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.304 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2158 3490 10 %RANDOM
Rwork0.16386 ---
obs0.1691 34818 99.34 %-
all-35050 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.625 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→13.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5032 0 45 578 5655
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.025239
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0671.9387124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.325637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.92623.905274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.74615810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.3561537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2748
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0214126
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 219 -
Rwork0.188 2055 -
obs-2055 97.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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