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万見
- PDB-4fai: Crystal structure of mitochondrial isoform of glutaminyl cyclase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fai
タイトルCrystal structure of mitochondrial isoform of glutaminyl cyclase from Drosophila melanogaster
要素CG5976, isoform B
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / HYDROLASE (加水分解酵素) / alpha/beta hydrolase / pGlu formation / PE / Alzheimer's Disease (アルツハイマー病) / pyroglutamate (ピログルタミン酸) / pGlu-amyloid
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-pyroglutamic acid biosynthetic process, using glutaminyl-peptide cyclotransferase / glutaminyl-peptide cyclotransferase / glutaminyl-peptide cyclotransferase activity / Neutrophil degranulation / ミトコンドリア / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
M28 Zn-Peptidase Glutaminyl Cyclase / Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like / Peptidase M28 / Peptidase family M28 / Zn peptidases / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PBD / Glutaminyl-peptide cyclotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Kolenko, P. / Koch, B. / Ruiz-Carilo, D. / Stubbs, M.T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Crystal Structures of Glutaminyl Cyclases (QCs) from Drosophila melanogaster Reveal Active Site Conservation between Insect and Mammalian QCs.
著者: Koch, B. / Kolenko, P. / Buchholz, M. / Ruiz Carrillo, D. / Parthier, C. / Wermann, M. / Rahfeld, J.U. / Reuter, G. / Schilling, S. / Stubbs, M.T. / Demuth, H.U.
履歴
登録2012年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月26日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CG5976, isoform B
B: CG5976, isoform B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,7038
ポリマ－75,8612
非ポリマー8436
水8,035446
1
A: CG5976, isoform B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3524
ポリマ－37,9301
非ポリマー4213
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CG5976, isoform B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3524
ポリマ－37,9301
非ポリマー4213
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.443, 47.734, 74.556
Angle α, β, γ (deg.)85.03, 74.89, 73.90
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 CG5976, isoform B / glutaminyl-peptide cyclotransferase / RE61650p


分子量: 37930.301 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-354 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: isoQC, CG5976, Dmel_CG5976 / プラスミド: PQE31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15
参照: UniProt: Q86PD7, glutaminyl-peptide cyclotransferase, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PBD / 1-(3,4-dimethoxyphenyl)-3-[3-(1H-imidazol-1-yl)propyl]thiourea / 1-(3-(1H-イミダゾ-ル-1-イル)プロピル)-3-(3,4-ジメトキシフェニル)チオ尿素


分子量: 320.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H20N4O2S
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.13 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG4000, 0.2 M magnesium chloride, 2 mM PQ50, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→71.969 Å / Num. all: 69017 / Num. obs: 69017 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3.7 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 9906 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0116精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4F9V

4f9v


解像度: 1.65→71.969 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / SU B: 1.603 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 3512 -RANDOM
Rwork0.17 ---
all0.172 69017 --
obs0.172 69017 97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.439 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.57 Å2-0.06 Å20.76 Å2
2--0.65 Å2-0.63 Å2
3----1.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→71.969 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4950 0 48 446 5444
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0225154
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023503
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3791.9757006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8943.0018508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5415611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.43423.843242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.15515877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4391529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2773
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021045
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.265 4997 -
obs--95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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