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万見
- PDB-4f4b: Structure of OSH4 with a cholesterol analog -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f4b
タイトルStructure of OSH4 with a cholesterol analog
要素Protein KES1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / OXYSTEROL / STEROL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Acyl chain remodelling of PS / Synthesis of bile acids and bile salts / sterol transfer activity / sterol transport / : / ER to Golgi ceramide transport / post-Golgi vesicle-mediated transport / maintenance of cell polarity / sphingolipid metabolic process / piecemeal microautophagy of the nucleus ...Acyl chain remodelling of PS / Synthesis of bile acids and bile salts / sterol transfer activity / sterol transport / : / ER to Golgi ceramide transport / post-Golgi vesicle-mediated transport / maintenance of cell polarity / sphingolipid metabolic process / piecemeal microautophagy of the nucleus / phosphatidic acid binding / oxysterol binding / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / エキソサイトーシス / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / エンドサイトーシス / ゴルジ体 / lipid binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2720 / Porin - #120 / Alpha-Beta Plaits - #3490 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1430 / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein, conserved site / Oxysterol-binding protein superfamily / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein family signature. / ポリン (タンパク質) ...Helix Hairpins - #2720 / Porin - #120 / Alpha-Beta Plaits - #3490 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1430 / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein, conserved site / Oxysterol-binding protein superfamily / Oxysterol-binding protein / Oxysterol-binding protein family signature. / ポリン (タンパク質) / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Helix Hairpins / Alpha-Beta Plaits / Βバレル / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L39 / Oxysterol-binding protein homolog 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Koag, M.C. / Monzingo, A.F. / Cheun, Y. / Lee, S.
引用ジャーナル: Steroids / 年: 2013
タイトル: Synthesis and structure of 16,22-diketocholesterol bound to oxysterol-binding protein Osh4.
著者: Koag, M.C. / Cheun, Y. / Kou, Y. / Ouzon-Shubeita, H. / Min, K. / Monzingo, A.F. / Lee, S.
履歴
登録2012年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein KES1
B: Protein KES1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,6214
ポリマ－99,5402
非ポリマー1,0812
水5,008278
1
A: Protein KES1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3112
ポリマ－49,7701
非ポリマー5411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein KES1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3112
ポリマ－49,7701
非ポリマー5411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.123, 65.397, 82.314
Angle α, β, γ (deg.)96.560, 100.280, 95.910
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Protein KES1 / Oxysterol-binding protein homolog 4


分子量: 49770.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: KES1, OSH4, YPL145C, LPI3C, P2614 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35844
#2: 化合物 ChemComp-L39 / (3beta,9beta,25R)-3-hydroxy-26-iodocholest-5-ene-16,22-dione / (25R)-26-ヨ-ド-3β-ヒドロキシコレスタ-5-エン-16,22-ジオン


分子量: 540.517 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H41IO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.12 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8% PEG 20,000, 50 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.97648 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97648 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→80.25 Å / Num. obs: 81133 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 1.385 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.87-1.91.90.62640151.697195
1.9-1.941.90.44236853.203187.8
1.94-1.9720.30341181.32195.9
1.97-2.0120.23840811.049196.8
2.01-2.061.90.29140461.467196.4
2.06-2.111.90.25438572.511190.9
2.11-2.1620.15640841.076197.1
2.16-2.2220.14941231.157197.2
2.22-2.281.90.19536672.827187.2
2.28-2.3620.10741041.155197.3
2.36-2.4420.08541101.011197.7
2.44-2.5420.08641441.222196.7
2.54-2.651.90.07241121.072197.9
2.65-2.791.90.06741171.364197.3
2.79-2.971.90.04941711.005198.2
2.97-3.191.90.03841420.97198.1
3.19-3.511.90.03640741.351197
3.51-4.021.90.03240901.393196.5
4.02-5.051.90.01742120.692199.2
5.05-2020.01941810.784199.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BOSデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.87→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / WRfactor Rfree: 0.2525 / WRfactor Rwork: 0.1996 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7841 / SU B: 4.308 / SU ML: 0.123 / SU R Cruickshank DPI: 0.175 / SU Rfree: 0.1711 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2708 3700 5 %RANDOM
Rwork0.2143 ---
obs0.2171 74018 87.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 214.47 Å2 / Biso mean: 22.8446 Å2 / Biso min: 7.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.06 Å2-0.12 Å20.67 Å2
2---0.55 Å20.08 Å2
3----0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6712 0 62 278 7052
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.026949
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.031.9719429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7075840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.08724.737304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.174151185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2431525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.21035
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0215197
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.923 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 189 -
Rwork0.402 3864 -
all-4053 -
obs--64.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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