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- PDB-4f12: Crystal structure of the extracellular domain of human GABA(B) re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f12
タイトルCrystal structure of the extracellular domain of human GABA(B) receptor GBR2
要素Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Venus flytrap module / G-protein coupled receptor (Gタンパク質共役受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


GABA B receptor activation / G protein-coupled GABA receptor complex / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / GABA receptor complex / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway ...GABA B receptor activation / G protein-coupled GABA receptor complex / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / GABA receptor complex / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / transmembrane signaling receptor activity / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / neuron projection / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2, coiled-coil domain / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 coiled-coil domain / GPCR family 3, GABA-B receptor / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / G-protein coupled receptors family 3 profile. ...GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2, coiled-coil domain / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 coiled-coil domain / GPCR family 3, GABA-B receptor / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / G-protein coupled receptors family 3 profile. / Response regulator / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Geng, Y. / Xiong, D. / Mosyak, L. / Malito, D.L. / Kniazeff, J. / Chen, Y. / Burmakina, S. / Quick, M. / Bush, M. / Javitch, J.A. ...Geng, Y. / Xiong, D. / Mosyak, L. / Malito, D.L. / Kniazeff, J. / Chen, Y. / Burmakina, S. / Quick, M. / Bush, M. / Javitch, J.A. / Pin, J.-P. / Fan, Q.R.
引用ジャーナル: Nat.Neurosci. / 年: 2012
タイトル: Structure and functional interaction of the extracellular domain of human GABA(B) receptor GBR2.
著者: Geng, Y. / Xiong, D. / Mosyak, L. / Malito, D.L. / Kniazeff, J. / Chen, Y. / Burmakina, S. / Quick, M. / Bush, M. / Javitch, J.A. / Pin, J.P. / Fan, Q.R.
履歴
登録2012年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月15日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3625
ポリマ－49,1271
非ポリマー1,2344
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.684, 142.515, 79.264
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 / GABA-B receptor 2 / GABA-B-R2 / GABA-BR2 / GABABR2 / Gb2 / G-protein coupled receptor 51 / HG20


分子量: 49127.492 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain, UNP residues 42-466' / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABBR2, GPR51, GPRC3B
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: O75899
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 30% Jeffamine ED-2001, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月10日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 8073 / Num. obs: 8073 / % possible obs: 86.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 0.988 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3-3.112.50.495880.979165.4
3.11-3.2330.3787151.021176.7
3.23-3.383.30.2577750.908185.3
3.38-3.563.50.1848240.893188.4
3.56-3.783.70.1388301.016189
3.78-4.073.60.1098220.938189.3
4.07-4.483.70.0868271.133188.7
4.48-5.1340.0728741.005192
5.13-6.464.90.0668880.944193.4
6.46-504.80.0379301.025191.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.4.0066精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.02→39.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8913 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.527
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2537 380 4.72 %RANDOM
Rwork0.2073 ---
obs0.2094 8056 84.72 %-
原子変位パラメータBiso max: 135.84 Å2 / Biso mean: 62.016 Å2 / Biso min: 4.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.4071 Å20 Å20 Å2
2---3.4674 Å20 Å2
3---12.8746 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.02→39.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3270 0 80 96 3446
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1160SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes92HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes497HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3437HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion457SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3839SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3437HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4668HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.54
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.86
LS精密化 シェル解像度: 3.02→3.38 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 97 5.16 %
Rwork0.256 1782 -
all0.2595 1879 -
obs--84.72 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.855 Å / Origin y: 35.6624 Å / Origin z: -4.0002 Å
111213212223313233
T0.0282 Å20.0239 Å20.0272 Å2-0.1053 Å2-0.0251 Å2---0.073 Å2
L0.4365 °20.3045 °20.0165 °2-1.856 °2-0.3101 °2--0.4101 °2
S-0.0535 Å °-0.0702 Å °-0.023 Å °-0.0613 Å °0.0056 Å °-0.0187 Å °0.0063 Å °-0.0415 Å °0.0479 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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