PDB-4ezb: CRYSTAL STRUCTURE OF the Conserved hypothetical protein from Sino...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ezb

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF the Conserved hypothetical protein from Sinorhizobium meliloti 1021

要素

uncharacterized conserved protein

キーワード

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Unknown Function /

PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGRC /

conserved protein / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Sinorhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF the Conserved hypothetical protein from Sinorhizobium meliloti 1021
著者: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. ...

履歴

登録	2012年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ezb.cif.gz	120.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ezb.ent.gz	98.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ezb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/4ezb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/4ezb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5sy8-d 5w5x-d 5tfw-d 3tuf-1 1mhp-1 5t6l-2 6phb-2 1fe8-2 1h0d-d 1fe8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-012024

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: uncharacterized conserved protein

33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: uncharacterized conserved protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
67.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.312, 51.264, 51.068
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.440, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

dimeric

#1: タンパク質	uncharacterized conserved protein 分子量: 33660.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 株: 1021 / 遺伝子: R01766, SMc00501 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q92PI7
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, 30% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.2 % / Av σ(I) over netI: 17.02 / 数: 99839 / R_merge(I) obs: 0.086 / Χ²: 1.48 / D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 30844 / % possible obs: 94.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.7	50	99.3	1	0.04	2.981	3.5
4.52	5.7	99.7	1	0.05	2.946	3.4
3.95	4.52	99.9	1	0.059	3.171	3.4
3.59	3.95	99.9	1	0.069	2.538	3.5
3.33	3.59	100	1	0.077	1.8	3.5
3.14	3.33	99.9	1	0.097	1.459	3.5
2.98	3.14	99.9	1	0.116	1.194	3.5
2.85	2.98	100	1	0.159	1.15	3.5
2.74	2.85	100	1	0.209	1.066	3.6
2.65	2.74	100	1	0.298	0.947	3.5
2.56	2.65	100	1	0.337	0.888	3.5
2.49	2.56	99.9	1	0.416	0.9	3.5
2.42	2.49	100	1	0.449	0.814	3.4
2.37	2.42	99.8	1	0.507	0.844	3.3
2.31	2.37	97.8	1	0.519	0.854	3
2.26	2.31	93.6	1	0.643	0.836	2.8
2.22	2.26	90.3	1	0.565	0.789	2.5
2.18	2.22	77	1	0.593	0.763	2.2
2.14	2.18	68.8	1	0.652	0.813	2.2
2.1	2.14	56.5	1	0.675	0.714	2.1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 30844 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Χ²: 1.477 / Net I/σ(I): 8.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.14	2.1	0.675	943	0.714	1	56.5
2.14-2.18	2.2	0.652	1105	0.813	1	68.8
2.18-2.22	2.2	0.593	1291	0.763	1	77
2.22-2.26	2.5	0.565	1459	0.789	1	90.3
2.26-2.31	2.8	0.643	1546	0.836	1	93.6
2.31-2.37	3	0.519	1565	0.854	1	97.8
2.37-2.42	3.3	0.507	1693	0.844	1	99.8
2.42-2.49	3.4	0.449	1580	0.814	1	100
2.49-2.56	3.5	0.416	1655	0.9	1	99.9
2.56-2.65	3.5	0.337	1643	0.888	1	100
2.65-2.74	3.5	0.298	1661	0.947	1	100
2.74-2.85	3.6	0.209	1613	1.066	1	100
2.85-2.98	3.5	0.159	1650	1.15	1	100
2.98-3.14	3.5	0.116	1623	1.194	1	99.9
3.14-3.33	3.5	0.097	1629	1.459	1	99.9
3.33-3.59	3.5	0.077	1645	1.8	1	100
3.59-3.95	3.5	0.069	1650	2.538	1	99.9
3.95-4.52	3.4	0.059	1633	3.171	1	99.9
4.52-5.7	3.4	0.05	1642	2.946	1	99.7
5.7-50	3.5	0.04	1618	2.981	1	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→19.09 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / WR_factor R_free: 0.2327 / WR_factor R_work: 0.1801 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8059 / SU B: 14.366 / SU ML: 0.176 / SU R Cruickshank DPI: 0.247 / SU R_free: 0.2018 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2442	808	5 %	RANDOM
R_work	0.1931	-	-	-
obs	0.1957	16270	96.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 204.44 Å² / B_iso mean: 54.9643 Å² / B_iso min: 27.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.16 Å²	0 Å²	0.18 Å²
2-	-	0.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2185	0	0	66	2251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	2216
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.384	1.982	3005
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.887	5	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.449	23.258	89
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.802	15	324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.421	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	352
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1678

LS精密化シェル

解像度: 2.102→2.156 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.363	44	-
R_work	0.316	792	-
all	-	836	-
obs	-	-	68.41 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 30.1485 Å / Origin y: 22.1092 Å / Origin z: 18.2794 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0939 Å²	0.0093 Å²	0.0174 Å²	-	0.0084 Å²	0.0023 Å²	-	-	0.0698 Å²
L	2.0238 °²	0.4493 °²	0.6212 °²	-	0.4697 °²	0.0407 °²	-	-	0.581 °²
S	0.1126 Å °	-0.0806 Å °	0.0334 Å °	0.0471 Å °	-0.0181 Å °	0.124 Å °	0.0754 Å °	-0.0024 Å °	-0.0946 Å °

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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