PDB-4edp: 1.85 Angstrom resolution crystal structure of an ABC transporter ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4edp

タイトル

1.85 Angstrom resolution crystal structure of an ABC transporter from Clostridium perfringens ATCC 13124

要素

ABC transporter, substrate-binding protein

ATP-binding cassette transporter

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) /

ABC transporter / substrate-binding protein / Clostridium perfringens ATCC 13124 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

polyamine binding / polyamine transport /

ペリプラズム
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.85 Angstrom resolution crystal structure of an ABC transporter from Clostridium perfringens ATCC 13124
著者: Halavaty, A.S. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2012年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4edp.cif.gz	301 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4edp.ent.gz	246.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4edp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/4edp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/4edp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1a99S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ezq-d 6ocg-d 1xc1-2 6tby-d 1a7l-3 5ezs-d 1o7t-2 5b4s-1 3q45-2 5d0h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP04248

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ABC transporter, substrate-binding protein

B: ABC transporter, substrate-binding protein

ヘテロ分子

77.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ABC transporter, substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ABC transporter, substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.318, 50.743, 143.774
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.83, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ABC transporter, substrate-binding protein / ATP-binding cassette transporter 分子量: 38326.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) 株: ATCC 13124 / 遺伝子: CPF_1477 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q0TR20, UniProt: A0A0H2YTW6*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 678 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.55 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: crystallization condition: 2M NH4 Citrate pH 7.0,0.1MBis-Tris Propane. Paratone used for cryoprotection, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月17日 / 詳細: Be-Lenses
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→30 Å / Num. all: 68597 / Num. obs: 68597 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 17.17
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 3387 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
BALBES		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A99

1a99

解像度: 1.85→29.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 3.62 / SU ML: 0.049 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1909	3475	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16279	-	-	-
obs	0.16426	65106	99.54 %	-
all	-	65106	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.842 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.83 Å²	0 Å²	6.78 Å²
2-	-	-2.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4910	0	40	678	5628

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	5437
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3544
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.471	1.959	7422
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.868	3	8841
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.848	5	716
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.817	27.48	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	8.781	15	980
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.307	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	829
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	6279
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	951
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.868	1.5	3455
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.278	1.5	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.574	2	5636
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.728	3	1982
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.568	4.5	1786

LS精密化シェル

解像度: 1.851→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.228	201	-
R_work	0.209	4579	-
obs	-	4579	95.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9129	-0.1101	-0.0977	4.5633	-1.1381	2.1691	0.0264	0.6736	0.118	-0.4776	-0.0602	0.1438	0.0105	-0.0385	0.0339	0.2241	-0.0335	-0.0217	0.3587	0.0319	0.0368	11.8508	52.9099	39.3599
2	2.0514	-0.1369	-0.294	1.3242	0.1374	1.4779	-0.0745	0.2145	-0.1211	-0.118	0.0355	-0.0165	0.1227	0.1206	0.0391	0.0822	-0.001	0.0053	0.1159	-0.0058	0.0235	18.0464	45.8692	53.3587
3	1.1632	0.1647	0.0495	1.5456	-0.4204	1.0992	0.0305	-0.003	-0.0278	0.014	0.0416	0.1481	0.0276	-0.0305	-0.0721	0.0426	-0.0007	-0.0205	0.0046	-0.0042	0.0554	-6.4686	37.8148	68.8427
4	3.3844	-0.0521	1.0871	1.3694	-0.2392	1.4926	0.018	0.0972	-0.2542	-0.1173	0.0256	0.0025	0.0631	0.0924	-0.0436	0.1002	0.0059	-0.0117	0.0158	-0.0206	0.0485	-0.3698	31.7205	68.4714
5	2.1165	0.5187	-0.4103	0.7622	-0.3724	0.7607	-0.067	0.3322	0.0981	-0.1313	0.0806	0.0823	-0.0051	-0.0165	-0.0137	0.0923	-0.0037	-0.0298	0.0791	0.0018	0.0326	3.5342	50.0916	55.5333
6	1.6097	-0.0531	-0.1164	2.2501	-0.5741	1.5606	0.0303	0.0997	-0.0116	-0.1025	-0.0575	0.0993	0.0726	-0.0181	0.0272	0.062	-0.0001	-0.0221	0.1032	-0.0222	0.0525	4.452	42.2565	63.2905
7	2.285	0.0671	-0.2859	3.9582	0.9258	2.6831	-0.0077	-0.5018	0.0743	0.3772	-0.0392	-0.1955	-0.014	0.0692	0.0469	0.195	0.0305	-0.0191	0.3205	-0.0313	0.0376	33.4374	29.1736	31.4931
8	2.0618	-0.0838	-0.0648	1.4015	-0.0468	1.6994	-0.0686	-0.2115	-0.1298	0.0903	0.0232	0.083	0.1695	-0.1732	0.0454	0.0839	-0.0065	0.013	0.1182	0.0048	0.0338	27.1824	22.047	17.7253
9	1.3172	-0.3094	0.1404	1.5565	0.4649	1.1313	0.014	0.0064	-0.0425	-0.0239	0.0454	-0.132	0.0339	0.0518	-0.0594	0.0466	-0.0025	-0.0167	0.0043	0.0023	0.0516	51.7871	13.7734	2.2444
10	3.2588	0.0183	1.2823	1.4082	0.1128	1.6627	0.0101	-0.0978	-0.2831	0.1108	0.0411	0.0199	0.0364	-0.1173	-0.0513	0.0864	-0.0048	-0.0088	0.018	0.0161	0.0434	44.9905	7.3608	1.995
11	2.1358	-0.4265	-0.5177	0.6604	0.3796	0.8458	-0.0538	-0.3156	0.0817	0.113	0.0728	-0.0786	0.0062	0.0056	-0.0189	0.0883	0.0031	-0.0331	0.0753	-0.0024	0.0282	42.1873	25.9158	15.4529
12	1.723	-0.0308	-0.1138	1.9752	0.4338	1.425	0.0502	-0.1018	0.0055	0.1016	-0.0882	-0.1044	0.0705	0.0341	0.0379	0.0667	-0.0049	-0.0188	0.1101	0.0196	0.0461	40.8494	18.2727	7.7027

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	33 - 65
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	66 - 134
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	135 - 183
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	184 - 221
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	222 - 304
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	305 - 348
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	33 - 65
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	66 - 134
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	135 - 183
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	184 - 219
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	220 - 304
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	305 - 348

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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