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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4edi | ||||||
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タイトル | Disulfide bonded EutL from Clostridium perfringens | ||||||
要素 | Ethanolamine utilization protein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / bacterial microcompartment / Eut / BMC shell protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial microcompartment / cobalamin binding / structural molecule activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.998 Å | ||||||
データ登録者 | Thompson, M.C. / Cascio, D. / Crowley, C.S. / Kopstein, J.S. / Yeates, T.O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015 タイトル: An allosteric model for control of pore opening by substrate binding in the EutL microcompartment shell protein. 著者: Thompson, M.C. / Cascio, D. / Leibly, D.J. / Yeates, T.O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4edi.cif.gz | 361.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4edi.ent.gz | 303.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4edi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/4edi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/4edi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23716.703 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) 遺伝子: CPE0900, eutL / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Rosetta / 参照: UniProt: Q8XLZ0 #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.03 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 5% PEG8000, 8% ethylene glycol, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月25日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.998→100 Å / Num. obs: 65257 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 25.677 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 18.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 53.19 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3I82 解像度: 1.998→59.595 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.27 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.28 / 立体化学のターゲット値: MLHL 詳細: REFINEMENT WAS CARRIED OUT WITH EXPLICIT HYDROGENS AS DEFINED BY THE RIDING MODEL.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.001 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 105.6 Å2 / Biso mean: 33.5746 Å2 / Biso min: 15.06 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.998→59.595 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 24
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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