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- PDB-4eag: Co-crystal structure of an chimeric AMPK core with ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eag
タイトルCo-crystal structure of an chimeric AMPK core with ATP
要素
  • (5'-AMP-activated protein kinase subunit ...) x 2
  • EG:132E8.2 protein
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / AMPK
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of digestive system process / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Carnitine metabolism / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / TP53 Regulates Metabolic Genes / Gタンパク質共役受容体キナーゼ / behavioral response to starvation / オートファジー / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK ...regulation of digestive system process / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Carnitine metabolism / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / TP53 Regulates Metabolic Genes / Gタンパク質共役受容体キナーゼ / behavioral response to starvation / オートファジー / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / basolateral part of cell / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / オートファジー / TP53 Regulates Metabolic Genes / nail development / G protein-coupled receptor kinase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ / sequestering of triglyceride / import into nucleus / protein kinase regulator activity / negative regulation of cell size / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / nucleotide-activated protein kinase complex / positive regulation of axon guidance / dendrite morphogenesis / positive regulation of lipophagy / AMP-activated protein kinase activity / AMP binding / cellular response to nutrient levels / negative regulation of TORC1 signaling / cellular response to starvation / regulation of cell growth / ADP binding / lipid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / mitotic cell cycle / positive regulation of cold-induced thermogenesis / エンドソーム / protein kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / protein serine/threonine kinase activity / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / シグナル伝達 / protein-containing complex / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Kinase associated domain 1, KA1 / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMPK, C-terminal adenylate sensor domain / Adenylate sensor of SNF1-like protein kinase / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / KA1 domain/Ssp2, C-terminal ...Kinase associated domain 1, KA1 / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMPK, C-terminal adenylate sensor domain / Adenylate sensor of SNF1-like protein kinase / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / TATA結合タンパク質 / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBSドメイン / CBSドメイン / CBS domain profile. / Immunoglobulin E-set / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / AMP-activated protein kinase alpha subunit, isoform A / 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 / 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.701 Å
データ登録者Chen, L. / Wang, J. / Zhang, Y.-Y. / Yan, S.F. / Neumann, D. / Schlattner, U. / Wang, Z.-X. / Wu, J.-W.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: AMP-activated protein kinase undergoes nucleotide-dependent conformational changes
著者: Chen, L. / Wang, J. / Zhang, Y.-Y. / Yan, S.F. / Neumann, D. / Schlattner, U. / Wang, Z.-X. / Wu, J.-W.
履歴
登録2012年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EG:132E8.2 protein
B: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1
C: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3046
ポリマ－62,1263
非ポリマー1,1783
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8490 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area21170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.668, 151.283, 109.323
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 EG:132E8.2 protein / FI03728p / SNF1A/AMP-activated protein kinase / SNF1A/AMP-activated protein kinase / isoform A / ...FI03728p / SNF1A/AMP-activated protein kinase / SNF1A/AMP-activated protein kinase / isoform A / SNF1A/AMP-activated protein kinase / isoform B / SNF1A/AMP-activated protein kinase / isoform C


分子量: 14897.316 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 458-582 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: SNF1A, EG:132E8.2, SNF1A-RA, CG3051, Dmel_CG3051 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O18645, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ, Gタンパク質共役受容体キナーゼ

-
5'-AMP-activated protein kinase subunit ... , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-1 / AMPK subunit beta-1 / AMPKb / 5'-AMP-activated protein kinase 40 kDa subunit


分子量: 9794.592 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 187-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Prkab1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80386
#3: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 / AMPK gamma1 / AMPK subunit gamma-1 / AMPKg


分子量: 37434.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Prkag1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80385

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非ポリマー , 3種, 84分子

#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 163.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.02
詳細: MES, 12% Methanol, 2% 1,4-butanodiol, pH 6.02 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.99583 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 25106 / Num. obs: 19457 / % possible obs: 77.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 33.36 Å2
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / % possible all: 15.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V8Q

2v8q


解像度: 2.701→29.861 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7914 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2521 982 5.05 %random
Rwork0.2083 ---
all0.2106 25106 --
obs0.2106 19448 77.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.859 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 165.73 Å2 / Biso mean: 44.3536 Å2 / Biso min: 0 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.1823 Å2-0 Å2-0 Å2
2---10.6293 Å20 Å2
3----5.8532 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.701→29.861 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3601 0 73 81 3755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093748
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3485081
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083598
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006604
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.6371368
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7009-2.84320.299480.214889093827
2.8432-3.02120.2691860.23741724181051
3.0212-3.25420.30051230.24912410253372
3.2542-3.58120.3091700.23273155332593
3.5812-4.09820.25161710.195733853556100
4.0982-5.1590.18651930.163334093602100
5.159-29.86250.25551910.22233493368499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0001-0.0125-0.00570.01430.0031-0.0103-0.00650.04720.0335-0.00560.0311-0.0432-0.15250.007100.15050.30380.07850.08370.12640.2073-60.0422-11.69876.8957
20.0028-0.0009-0.00070.00110.00070.0035-0.00310.0002-0.0039-0.00370.0091-0.0028-0.00630.0018-00.17090.18930.03750.168-0.05010.2327-62.6022-24.090710.2762
30.0085-0.0024-0.00080.0027-0.01120.01060.04220.13680.0485-0.0217-0.0025-0.02190.01660.0105-00.13230.2029-0.04960.09410.17620.0135-57.4971-15.807910.5462
40.01710.00590.00780.0049-0.0022-0.00660.06690.0917-0.0334-0.07770.07690.0216-0.1164-0.04640-0.08190.27350.0052-0.29890.06550.026-52.1316-23.95717.9899
50.00340.00410.0053-0.00530.0105-0.00380.04840.0271-0.09270.01690.04640.03050.0414-0.0224-00.35810.282-0.05810.3444-0.06070.4461-59.581-3.95715.859
60.00010.0002-0.00040.001-0.0006-0.00050.0049-0.0019-0.0030.0039-0.001-0.00270.0009-0.0114-00.495-0.00770.05750.42820.04290.527-42.8199-6.800616.2999
70.00540.0064-0.00060.0176-0.00290.001-0.00350.00130.00130.0025-0.00420.0003-0.0003-0.0025-00.41380.03740.02420.3591-0.12080.3878-43.3056-13.014425.1009
8-0.004-0.013-0.0130.00790.00280.0019-0.06410.04260.181-0.07890.00490.0376-0.02930.03190-0.13960.09310.379-0.0415-0.0339-0.4452-43.827-19.705412.9155
90.05480.00270.0256-0.0116-0.02390.00730.16430.0508-0.0607-0.0263-0.2442-0.0434-0.00730.10080-0.18980.01530.1565-0.0548-0.1246-0.496-32.157-31.83027.3449
100.0048-0.0053-0.0021-0.0006-0.00230.00370.00780.06550.0112-0.00790.004-0.01220.04330.006900.01840.0955-0.05640.1678-0.04750.0548-34.4054-34.2942-5.6615
11-0.0064-0.02550.0265-0.0239-0.016-0.03450.0024-0.22520.00870.0059-0.04070.10350.1810.41960-0.98770.74210.0159-0.94610.1045-0.0922-27.4742-40.756222.21
12-0.0024-0.0005-0.0018-0.0141-0.0073-0.00110.01750.05960.05140.03910.01290.00660.02730.08720-0.33660.02630.02830.1581-0.0339-0.0311-10.283-34.25611.7213
130.00350.0007-0.01050.00020.0058-0.0080.02020.00910.0475-0.0629-0.0340.0198-0.10750.2341-0-0.49140.48160.237-0.2716-0.2578-0.0189-11.5151-37.931420.0859
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 458:496)A458 - 496
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 497:500)A497 - 500
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 501:526)A501 - 526
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 527:582)A527 - 582
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 191:207)B191 - 207
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 211:215)B211 - 215
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 220:233)B220 - 233
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 234:270)B234 - 270
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 26:106)C26 - 106
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 107:125)C107 - 125
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 126:202)C126 - 202
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 203:265)C203 - 265
13X-RAY DIFFRACTION13(chain C and resid 266:324)C266 - 324

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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