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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dyy | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Cu-adduct of Human H-Ferritin variant MIC1 | ||||||
要素 | Ferritin heavy chainフェリチン | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Four-helix bundle (ヘリックスバンドル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 iron ion sequestering activity / : / オートファゴソーム / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding ...iron ion sequestering activity / : / オートファゴソーム / Scavenging by Class A Receptors / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / negative regulation of fibroblast proliferation / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / tertiary granule lumen / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / ficolin-1-rich granule lumen / 免疫応答 / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Tezcan, F.A. / Huard, D.J.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013 タイトル: Re-engineering protein interfaces yields copper-inducible ferritin cage assembly. 著者: Huard, D.J. / Kane, K.M. / Tezcan, F.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4dyy.cif.gz | 56.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4dyy.ent.gz | 40.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4dyy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/4dyy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/4dyy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 24||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 20047.225 Da / 分子数: 1 / 変異: L56H, R63H, E67H, K86Q, C90E, C102A, C130A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTH1, FTH, FTHL6, OK/SW-cl.84, PIG15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02794, ferroxidase |
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-非ポリマー , 5種, 171分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 化合物 | ChemComp-TRS / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.13 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50 mM Tris, 5 mM calcium chloride, 8% PEG 1900 MME, 700 micro M cupric chloride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月16日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Rh coated flat mirror, toroidal focusing mirror プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.9→103.689 Å / Num. all: 20095 / Num. obs: 20095 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 27.1 % / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 22 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2CEI 解像度: 1.9→89.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 3.726 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.864 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→89.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
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