+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dui | ||||||
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Title | DARPIN D1 binding to tubulin beta chain (not in complex) | ||||||
Components | DESIGNED ANKYRIN REPEAT PROTEIN (DARPIN) D1 | ||||||
Keywords | DE NOVO PROTEIN / DARPIN / BETA-TUBULIN / TUBULIN / Artificial ankyrin repeat proteins / TUBULIN BETA CHAIN | ||||||
Function / homology | Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha Function and homology information | ||||||
Biological species | ARTIFICIAL GENE (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.16 Å | ||||||
Authors | Pecqueur, L. / Duellberg, C. / Dreier, B. / Wang, Q. / Jiang, C. / Pluckthun, A. / Surrey, T. / Gigant, B. / Knossow, M. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: An Anti-Tubulin Darpin Caps the Microtubule Plus-End Authors: Pecqueur, L. / Duellberg, C. / Dreier, B. / Wang, Q. / Jiang, C. / Pluckthun, A. / Surrey, T. / Gigant, B. / Knossow, M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4dui.cif.gz | 113 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4dui.ent.gz | 88.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4dui.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/4dui ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/4dui | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2xeeS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18084.439 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ARTIFICIAL GENE (others) / Plasmid: PDST067 (pQE30 DERIVATIVE) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): XLIblue | ||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.86 Å3/Da / Density % sol: 33.99 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 0.02M CACL2, 0.1 NA ACETATE, 30% MPD, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.98 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 14, 2011 Details: Kirkpatrick-Baez pair of bi-morph mirrors plus channel cut cryogenically cooled monochromator crystal | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.16→41.53 Å / Num. obs: 48400 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1.35 / Redundancy: 5.08 % / Biso Wilson estimate: 14.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.17 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2XEE Resolution: 1.16→32.103 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.35 / Phase error: 11.5 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.689 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.16→32.103 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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