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- PDB-4dru: HCV NS5B in complex with macrocyclic INDOLE INHIBITOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dru
タイトルHCV NS5B in complex with macrocyclic INDOLE INHIBITOR
要素RNA-directed RNA polymeraseRNA依存性RNAポリメラーゼ
キーワードTransferase/Inhibitor / HCV POLYMERASE / macrocycle inhibitor / thumb domain (親指) / Transferase-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase ...hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / molecular adaptor activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ヘリカーゼ / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / virus-mediated perturbation of host defense response / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
: / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal ...: / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0LN / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cummings, M.D. / Vendeville, S.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2012
タイトル: Structure-based macrocyclization yields hepatitis C virus NS5B inhibitors with improved binding affinities and pharmacokinetic properties.
著者: Cummings, M.D. / Lin, T.I. / Hu, L. / Tahri, A. / McGowan, D. / Amssoms, K. / Last, S. / Devogelaere, B. / Rouan, M.C. / Vijgen, L. / Berke, J.M. / Dehertogh, P. / Fransen, E. / Cleiren, E. / ...著者: Cummings, M.D. / Lin, T.I. / Hu, L. / Tahri, A. / McGowan, D. / Amssoms, K. / Last, S. / Devogelaere, B. / Rouan, M.C. / Vijgen, L. / Berke, J.M. / Dehertogh, P. / Fransen, E. / Cleiren, E. / van der Helm, L. / Fanning, G. / Van Emelen, K. / Nyanguile, O. / Simmen, K. / Raboisson, P. / Vendeville, S.
履歴
登録2012年2月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月15日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase
B: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,91025
ポリマ－125,2332
非ポリマー2,67623
水11,277626
1
A: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7768
ポリマ－62,6171
非ポリマー1,1597
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,13417
ポリマ－62,6171
非ポリマー1,51716
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.130, 106.643, 133.286
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase / RNA依存性RNAポリメラーゼ / NS5B / p68


分子量: 62616.723 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2420-2982 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 株: HC-J4 / プラスミド: pet21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: O92972, RNA依存性RNAポリメラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-0LN / 13-cyclohexyl-3-methoxy-17,22-dimethyl-7H-10,6-(methanoiminothioiminobutanoiminomethano)indolo[2,1-a][2]benzazepine-14,23-dione 16,16-dioxide


分子量: 590.733 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H38N4O5S
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 626 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.77 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.25
詳細: 19% PEG 6000, 300mM ammonium sulphate buffer. The NS5b-inhibitor complex was formed by co-crystallization, with the protein solution incubated with ligand for 1 hour prior to preparation of ...詳細: 19% PEG 6000, 300mM ammonium sulphate buffer. The NS5b-inhibitor complex was formed by co-crystallization, with the protein solution incubated with ligand for 1 hour prior to preparation of the crystallization drops, pH 5.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.978 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→83.33 Å / Num. obs: 87966 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.098
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.672 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: その他 / 解像度: 2.1→41.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 9.858 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22557 990 1.1 %RANDOM
Rwork0.18489 ---
obs0.18536 85917 98.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.533 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.77 Å20 Å20 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3----1.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8632 0 159 626 9417
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0228982
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028147
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3041.9812203
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.798318917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.73751117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.71122.604361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.9151495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1741576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.029856
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021832
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21946
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.28150
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.24397
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.24796
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2533
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1430.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2550.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1660.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.45927197
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.59822237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.95838997
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.60144019
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.90363206
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 70 -
Rwork0.251 6207 -
obs--97.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.90970.03570.47421.79880.03761.11020.16220.1433-0.455-0.10820.005-0.22080.46540.0958-0.1673-0.0277-0.0064-0.0512-0.1168-0.050.016279.8783.431-11.271
20.0962-0.00590.10890.75780.66461.62450.01710.0151-0.0239-0.0358-0.08710.11090.1379-0.15980.0699-0.20.0051-0.0148-0.14560.0025-0.168627.5537.087-27.074
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 563
2X-RAY DIFFRACTION1A601
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 563

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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