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Yorodumi- PDB-4don: Brd4 Bromodomain 1 complex with a fragment 3,4-Dihydro-3-methyl-2... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4don | ||||||
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Title | Brd4 Bromodomain 1 complex with a fragment 3,4-Dihydro-3-methyl-2(1H)-quinazolinon | ||||||
Components | Bromodomain-containing protein 4 | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / BRD4 / Bromodomain / four alpha helices | ||||||
Function / homology | Amanitin/phalloidin toxin / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / toxin activity / Up-down Bundle / Mainly Alpha / 3-methyl-3,4-dihydroquinazolin-2(1H)-one / Alpha-amanitin proprotein 1 Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.52 Å | ||||||
Authors | Xiong, B. / Cao, D.Y. / Chen, W.Y. / Chen, T.T. / Xu, Y.C. / Shen, J.K. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Brd4 Bromodomain 1 complex with a fragment 3,4-Dihydro-3-methyl-2(1H)-quinazolinon Authors: Xiong, B. / Cao, D.Y. / Chen, W.Y. / Chen, T.T. / Xu, Y.C. / Shen, J.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4don.cif.gz | 68.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4don.ent.gz | 50.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4don.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4don_validation.pdf.gz | 424.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4don_full_validation.pdf.gz | 424.9 KB | Display | |
Data in XML | 4don_validation.xml.gz | 8.4 KB | Display | |
Data in CIF | 4don_validation.cif.gz | 11.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/4don ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/4don | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 17225.748 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Bromo 1 domain, UNP residues 44-166 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: BRD4, HUNK1 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)codon plus / References: UniProt: O60885 |
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#2: Chemical | ChemComp-3PF / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.76 Å3/Da / Density % sol: 30.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 3.6M Naformate, 10% glycerol, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 20, 2011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.52→30.31 Å / Num. all: 27637 / Num. obs: 19456 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 21.413 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Net I/σ(I): 3.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.52→30.309 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7822 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.99 / Phase error: 26.82 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.72 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.343 Å2 / ksol: 0.395 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 103.56 Å2 / Biso mean: 25.1107 Å2 / Biso min: 11.61 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.52→30.309 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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