PDB-4doi: Crystal structure of Arabidopsis thaliana chalcone isomerase At3g...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4doi

タイトル

Crystal structure of Arabidopsis thaliana chalcone isomerase At3g55120 (AtCHI)

要素

Chalcone--flavonone isomerase 1

キーワード

ISOMERASE (異性化酵素) / chalcone-flavanone isomerase

機能・相同性

機能・相同性情報

response to karrikin /

カルコンイソメラーゼ /

chalcone isomerase activity /

extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / plant-type vacuole membrane / flavonoid biosynthetic process / response to auxin / response to UV-B / response to UV /

葉緑体 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Noel, J.P. / Louie, G.V. / Bowman, M.E.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Evolution of the chalcone-isomerase fold from fatty-acid binding to stereospecific catalysis.
著者: Ngaki, M.N. / Louie, G.V. / Philippe, R.N. / Manning, G. / Pojer, F. / Bowman, M.E. / Li, L. / Larsen, E. / Wurtele, E.S. / Noel, J.P.

履歴

登録	2012年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4doi.cif.gz	112.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4doi.ent.gz	84 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4doi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/4doi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/4doi	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4dokC 4dolC 4dooC 1eyqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6cjo-1 4zyw-d 1rbz-2 6zbo-2 4zz2-d 1j2j-d 1mej-3 3l8d-d 1rc0-1 4zz1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chalcone--flavonone isomerase 1

B: Chalcone--flavonone isomerase 1

ヘテロ分子

53.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chalcone--flavonone isomerase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Chalcone--flavonone isomerase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.245, 63.781, 80.106
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.700, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

biological unit is a monomer

#1: タンパク質	Chalcone--flavonone isomerase 1 / Chalcone isomerase 1 / Protein TRANSPARENT TESTA 5 分子量: 26623.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At3g55120, CFI, CHI1, T15C9_120, TT5 / プラスミド: pHIS8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P41088, カルコンイソメラーゼ
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION / 硝酸塩分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 650 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.36 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M sodium HEPES, 28% (w/v) PEG 8000, 0.3 M magnesium nitrate, 2 mM dithiothreitol, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM30A

検出器

タイプ: ADSC Quantum Q315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年4月25日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 1.55→99 Å / Num. obs: 65875 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 4.58 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Χ²: 0.731 / Net I/σ(I): 8

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.55-1.59	0.44	3106	1.548	1	68.5
1.59-1.63	0.474	3757	0.935	1	82.6
1.63-1.67	0.476	4316	0.605	1	95.1
1.67-1.72	0.427	4472	0.527	1	98.2
1.72-1.77	0.322	4506	0.491	1	99
1.77-1.84	0.246	4503	0.484	1	99.1
1.84-1.91	0.19	4534	0.509	1	99.3
1.91-2	0.141	4538	0.515	1	99.9
2-2.1	0.109	4544	0.558	1	99.8
2.1-2.24	0.088	4579	0.631	1	100
2.24-2.41	0.076	4551	0.675	1	99.9
2.41-2.65	0.065	4618	0.72	1	100
2.65-3.03	0.056	4563	0.949	1	100
3.03-3.82	0.046	4609	1.223	1	100
3.82-99	0.039	4679	1.232	1	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1EYQ

1eyq

解像度: 1.55→99 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.8759 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: maximum likelihood

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2028	3189	4.6 %	random
R_work	0.1817	-	-	-
obs	-	62669	91.3 %	-

溶媒の処理

B_sol: 54.2438 Å²

原子変位パラメータ

B_iso max: 67.57 Å² / B_iso mean: 21.0736 Å² / B_iso min: 6.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.364 Å²	0 Å²	-0.132 Å²
2-	-	2.198 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.166 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3309	0	16	650	3975

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.504	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.67	2.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.225	3
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	4.038	4
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.222

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	Num. reflection obs
1.55-1.56	0.2934	40	0.27	570	610	570
1.56-1.57	0.2718	41	0.2641	768	809	768
1.57-1.58	0.313	42	0.2678	794	836	794
1.58-1.59	0.2574	45	0.282	850	895	850
1.59-1.61	0.2288	63	0.2514	876	939	876
1.61-1.62	0.2181	41	0.2624	979	1020	979
1.62-1.63	0.2768	52	0.2829	1070	1122	1070
1.63-1.64	0.3392	65	0.2566	1019	1084	1019
1.64-1.66	0.2585	71	0.2628	1111	1182	1111
1.66-1.67	0.2495	57	0.2504	1095	1152	1095
1.67-1.68	0.1836	49	0.2443	1154	1203	1154
1.68-1.7	0.212	63	0.2341	1137	1200	1137
1.7-1.71	0.3296	49	0.2524	1169	1218	1169
1.71-1.73	0.2422	68	0.2363	1160	1228	1160
1.73-1.75	0.2421	63	0.2295	1168	1231	1168
1.75-1.76	0.2555	64	0.2104	1204	1268	1204
1.76-1.78	0.235	54	0.2139	1157	1211	1157
1.78-1.8	0.2212	69	0.2148	1229	1298	1229
1.8-1.82	0.2251	83	0.203	1227	1310	1227
1.82-1.84	0.2565	81	0.2046	1170	1251	1170
1.84-1.86	0.236	62	0.1972	1203	1265	1203
1.86-1.88	0.1849	66	0.1885	1239	1305	1239
1.88-1.9	0.2062	77	0.1827	1210	1287	1210
1.9-1.93	0.211	68	0.1957	1237	1305	1237
1.93-1.95	0.2284	72	0.1803	1277	1349	1277
1.95-1.98	0.1871	67	0.1816	1268	1335	1268
1.98-2.01	0.2317	65	0.1753	1264	1329	1264
2.01-2.04	0.2119	61	0.1863	1271	1332	1271
2.04-2.07	0.1974	64	0.1762	1274	1338	1274
2.07-2.1	0.2078	80	0.1737	1247	1327	1247
2.1-2.14	0.2188	48	0.1796	1317	1365	1317
2.14-2.18	0.1902	76	0.174	1272	1348	1272
2.18-2.22	0.1996	72	0.1687	1298	1370	1298
2.22-2.27	0.2214	73	0.1775	1296	1369	1296
2.27-2.32	0.2345	65	0.1813	1273	1338	1273
2.32-2.37	0.2516	66	0.1784	1303	1369	1303
2.37-2.43	0.1997	64	0.176	1298	1362	1298
2.43-2.49	0.1937	59	0.1518	1288	1347	1288
2.49-2.57	0.2002	62	0.1751	1302	1364	1302
2.57-2.65	0.2079	66	0.178	1316	1382	1316
2.65-2.75	0.2592	76	0.1824	1266	1342	1266
2.75-2.86	0.186	78	0.1807	1299	1377	1299
2.86-2.99	0.2275	66	0.182	1305	1371	1305
2.99-3.14	0.1996	78	0.1879	1299	1377	1299
3.14-3.34	0.1875	65	0.1692	1330	1395	1330
3.34-3.6	0.1685	64	0.151	1304	1368	1304
3.6-3.96	0.1603	68	0.1422	1322	1390	1322
3.96-4.53	0.1307	70	0.1404	1309	1379	1309
4.53-5.71	0.168	65	0.1733	1344	1409	1344
5.71-500.01	0.2035	66	0.1979	1342	1408	1342

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	no3.par
X-RAY DIFFRACTION	3	CNS_TOPPAR:water_rep.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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