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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dmd | ||||||
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タイトル | GCN4 leucine zipper domain in a dimeric oligomerization state | ||||||
要素 | GCN4-p1 leucine zipper domain | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II ...protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / cellular response to amino acid starvation / RNA polymerase II transcription regulator complex / : / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Oshaben, K.M. / Salari, R. / Chong, L.T. / Horne, W.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012 タイトル: The Native GCN4 Leucine-Zipper Domain Does Not Uniquely Specify a Dimeric Oligomerization State. 著者: Oshaben, K.M. / Salari, R. / McCaslin, D.R. / Chong, L.T. / Horne, W.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4dmd.cif.gz | 32.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4dmd.ent.gz | 23.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4dmd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dmd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/4dmd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4031.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P03069*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.08 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M Sodium Acetate, 0.1M Sodium Citrate Tribasic Dihydrate, 30% w/v PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月19日 |
放射 | モノクロメーター: Rigaku VariMax Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40.4 Å / Num. obs: 4757 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.76 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 15.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2ZTA 解像度: 2→40.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 5.36 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.881 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→40.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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