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万見
- PDB-5fv8: Structure of cJun-FosW coiled coil complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fv8
タイトルStructure of cJun-FosW coiled coil complex.
要素
  • CJUN
  • FOSW
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / COILED COIL DOMAIN (コイルドコイル) / AP-1 / BZIP
機能・相同性
機能・相同性情報


cAMP response element binding / transcription factor AP-1 complex / integrated stress response signaling / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / release from viral latency / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / SMAD protein signal transduction / positive regulation by host of viral transcription / nuclear chromosome / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models ...cAMP response element binding / transcription factor AP-1 complex / integrated stress response signaling / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / release from viral latency / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / SMAD protein signal transduction / positive regulation by host of viral transcription / nuclear chromosome / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / Activation of the AP-1 family of transcription factors / ubiquitin-like protein ligase binding / negative regulation of DNA binding / R-SMAD binding / general transcription initiation factor binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / cellular response to cadmium ion / response to endoplasmic reticulum stress / GTPase activator activity / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Regulation of PTEN gene transcription / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FCERI mediated MAPK activation / MAPK6/MAPK4 signaling / ユークロマチン / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Pre-NOTCH Transcription and Translation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to reactive oxygen species / positive regulation of miRNA transcription / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of cell population proliferation / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Transcription factor Jun / Jun-like transcription factor / Jun-like transcription factor / bZIP transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JEF / Transcription factor Jun
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Zaccai, N.R. / Mason, J.M. / Brady, R.L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Helix-Constrained Fos-Based Peptides Inhibit Oncogenic Activator Protein-1 and Cancer Cell Proliferation
著者: Baxter, D. / Perry, S.R. / Hill, T.A. / Kok, W.M. / Zaccai, N.R. / Brady, R.L. / Fairlie, D.P. / Mason, J.M.
履歴
登録2016年2月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FOSW
B: FOSW
D: CJUN
E: CJUN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3037
ポリマ－17,0154
非ポリマー1,2883
水2,216123
1
A: FOSW
E: CJUN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7034
ポリマ－8,5082
非ポリマー1,1962
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FOSW
D: CJUN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6003
ポリマ－8,5082
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.820, 63.820, 190.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-1038-

JEF

21A-2037-

HOH

31E-2029-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド FOSW


分子量: 4387.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHESIZED PEPTIDE / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
#2: タンパク質・ペプチド CJUN


分子量: 4119.718 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHESIZED PEPTIDE / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P05412*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-JEF / O-(O-(2-AMINOPROPYL)-O'-(2-METHOXYETHYL)POLYPROPYLENE GLYCOL 500) / JEFFAMINE


分子量: 597.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H63NO10
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細O-(O-(2-AMINOPROPYL)-O'-(2-METHOXYETHYL)POLYPROPYLENE GLYCOL 500) (JEF): PARTIALLY DISORDERED IN ...O-(O-(2-AMINOPROPYL)-O'-(2-METHOXYETHYL)POLYPROPYLENE GLYCOL 500) (JEF): PARTIALLY DISORDERED IN STRUCTURE. MOLECULE FROM CRYSTALLISATION BUFFER.
配列の詳細FOSW SEQUENCE DERIVED FROM HUMAN CFOS SEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.87 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 1.1M SODIUM MALONATE DIBASIC MONOHYDRATE, 0.1M HEPES PH 7.00 AND 5% V/V JEFFAMINE ED-2003.

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949
検出器タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→47.66 Å / Num. obs: 13418 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 17.4 % / Biso Wilson estimate: 29.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.02 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 78.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A02

1a02


解像度: 1.99→47.657 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 31.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2464 1180 4.8 %
Rwork0.2086 --
obs0.2105 13377 95.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→47.657 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1124 0 35 123 1282
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071171
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9771558
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.114736
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003203
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9903-2.08080.48341290.44892408X-RAY DIFFRACTION80
2.0808-2.19050.41931140.38612828X-RAY DIFFRACTION91
2.1905-2.32780.36111480.31963008X-RAY DIFFRACTION98
2.3278-2.50750.30741180.24613121X-RAY DIFFRACTION100
2.5075-2.75980.24051490.2173049X-RAY DIFFRACTION99
2.7598-3.15910.24752030.19623005X-RAY DIFFRACTION100
3.1591-3.97980.21341660.15363062X-RAY DIFFRACTION100
3.9798-47.67110.17611530.15713077X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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