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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4dkl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the mu-opioid receptor bound to a morphinan antagonist | ||||||
要素 | Mu-type opioid receptor, lysozyme chimera | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN/ANTAGONIST / G-protein coupled receptor (Gタンパク質共役受容体) / 7 transmembrane receptor (Gタンパク質共役受容体) / SIGNALING PROTEIN-ANTAGONIST complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Opioid Signalling / spine apparatus / beta-endorphin receptor activity / morphine receptor activity / negative regulation of Wnt protein secretion / Peptide ligand-binding receptors / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / positive regulation of appetite / G-protein activation / G protein-coupled opioid receptor activity ...Opioid Signalling / spine apparatus / beta-endorphin receptor activity / morphine receptor activity / negative regulation of Wnt protein secretion / Peptide ligand-binding receptors / adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / positive regulation of appetite / G-protein activation / G protein-coupled opioid receptor activity / filamin binding / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / regulation of cellular response to stress / G alpha (i) signalling events / behavioral response to ethanol / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neuropeptide binding / negative regulation of cAMP-mediated signaling / regulation of NMDA receptor activity / positive regulation of neurogenesis / eating behavior / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / transmission of nerve impulse / G-protein alpha-subunit binding / neuropeptide signaling pathway / GABA-ergic synapse / voltage-gated calcium channel activity / positive regulation of cAMP-mediated signaling / viral release from host cell by cytolysis / sensory perception of pain / dendrite membrane / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / excitatory postsynaptic potential / dendrite cytoplasm / peptidoglycan catabolic process / locomotory behavior / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G-protein beta-subunit binding / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / presynaptic membrane / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / lysozyme activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / postsynaptic membrane / perikaryon / response to ethanol / host cell cytoplasm / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / エンドソーム / defense response to bacterium / neuron projection / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein domain specific binding / 神経繊維 / focal adhesion / 樹状突起 / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Manglik, A. / Kruse, A.C. / Kobilka, T.S. / Thian, F.S. / Mathiesen, J.M. / Sunahara, R.K. / Pardo, L. / Weis, W.I. / Kobilka, B.K. / Granier, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2012 タイトル: Crystal structure of the {mu}-opioid receptor bound to a morphinan antagonist. 著者: Manglik, A. / Kruse, A.C. / Kobilka, T.S. / Thian, F.S. / Mathiesen, J.M. / Sunahara, R.K. / Pardo, L. / Weis, W.I. / Kobilka, B.K. / Granier, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4dkl.cif.gz | 201.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4dkl.ent.gz | 158.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4dkl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/4dkl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/4dkl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3oduS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 52778.922 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 変異: D1020N, C1054T, C1097A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: Mor, Oprm, Oprm1, E / プラスミド: pFastBac 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P42866, UniProt: P00720, リゾチーム |
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-非ポリマー , 7種, 55分子
#2: 化合物 | ChemComp-BF0 / | ||||||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-CLR / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-1PE / | #7: 化合物 | ChemComp-CL / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
配列の詳細 | CHAIN A IS AN INTERNAL FUSION OF LYSOZYME (RESIDUES 2-161 OF UNP P00720) BETWEEN RESIDUES 52-263 ...CHAIN A IS AN INTERNAL FUSION OF LYSOZYME (RESIDUES 2-161 OF UNP P00720) BETWEEN RESIDUES 52-263 AND RESIDUES 270-352 OF MU-TYPE OPIOID RECEPTOR (UNP P42866). AN OFFSET OF 1000 HAS BEEN ADDED TO LYSOZYME RESIDUE NUMBERS WITHIN THE COORDINATE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 25 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.78 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7 詳細: 100 mM HEPES, pH 7.0, 300 mM lithium sulfate, 7.5% DMSO, 30-38% PEG400 in monoolein:cholesterol mixed in a 10:1 ratio, LIPIDIC CUBIC PHASE, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 78 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月30日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→30.5 Å / Num. obs: 19145 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.788 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1907 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3ODU 解像度: 2.8→30.488 Å / SU ML: 0.86 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.73 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.885 Å2 / ksol: 0.319 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30.488 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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