[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-4dh2: Crystal structure of Coh-OlpC(Cthe_0452)-Doc435(Cthe_0435) comple... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4dh2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Coh-OlpC(Cthe_0452)-Doc435(Cthe_0435) complex: A novel type I Cohesin-Dockerin complex from Clostridium thermocellum ATTC 27405 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | CELL ADHESION/PROTEIN BINDING / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() polysaccharide catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Alves, V.D. / Carvalho, A.L. / Najmudin, S.H. / Bras, J. / Prates, J.A.M. / Fontes, C.M.G.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Novel Clostridium thermocellum Type I Cohesin-Dockerin Complexes Reveal a Single Binding Mode. Authors: Bras, J.L. / Alves, V.D. / Carvalho, A.L. / Najmudin, S. / Prates, J.A. / Ferreira, L.M. / Bolam, D.N. / Romao, M.J. / Gilbert, H.J. / Fontes, C.M. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 196.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 157.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3ul4C ![]() 2cclS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 19063.643 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: unp residues 99-257 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 9482.773 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: unp residues 32-112 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-SO4 / ![]() #4: Chemical | ChemComp-CA / #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.27 % |
---|---|
Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / pH: 4.6 Details: 2 M ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4r / Detector: CCD / Date: Nov 24, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.745→78.6 Å / Num. obs: 66027 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 14.9 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 18.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.74→1.84 Å / Redundancy: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.887 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.887 / % possible all: 99.6 |
-Phasing
Phasing![]() | Method: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 65309 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
|
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: PDB ENTRY 2CCL Resolution: 1.75→39.3 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.34 / Phase error: 21.95 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.56 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.3 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→39.3 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 24.4374 Å / Origin y: 9.5578 Å / Origin z: -9.7545 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Selection details: all |