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万見
- PDB-4ct0: Crystal Structure of Mouse Cryptochrome1 in Complex with Period2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ct0
タイトルCrystal Structure of Mouse Cryptochrome1 in Complex with Period2
要素
  • CRYPTOCHROME-1クリプトクロム
  • PERIOD CIRCADIAN PROTEIN HOMOLOG 2
キーワードCIRCADIAN CLOCK PROTEIN / CRYPTOCHROME-PERIOD COMPLEX / CRYPTOCHROME INTERACTIONS / ZINC INTERFACE / DISULFIDE BOND (ジスルフィド) / REDOX REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / circadian regulation of translation / negative regulation of termination of DNA-templated transcription / negative regulation of glucocorticoid secretion / negative regulation of fat cell proliferation / negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / negative regulation of transcription regulatory region DNA binding / negative regulation of circadian rhythm / lactate biosynthetic process / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway ...regulation of glutamate uptake involved in transmission of nerve impulse / circadian regulation of translation / negative regulation of termination of DNA-templated transcription / negative regulation of glucocorticoid secretion / negative regulation of fat cell proliferation / negative regulation of glucocorticoid receptor signaling pathway / negative regulation of transcription regulatory region DNA binding / negative regulation of circadian rhythm / lactate biosynthetic process / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / histone methyltransferase binding / lipid storage / regulation of DNA damage checkpoint / pre-mRNA binding / glycogen biosynthetic process / RNA polymerase binding / response to glucagon / regulation of gluconeogenesis / E-box binding / entrainment of circadian clock by photoperiod / photoreceptor activity / regulation of insulin secretion / regulation of vasoconstriction / white fat cell differentiation / regulation of neurogenesis / response to light stimulus / phosphatase binding / signal transduction in response to DNA damage / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of protein ubiquitination / FAD binding / transcription corepressor binding / fatty acid metabolic process / response to activity / positive regulation of protein ubiquitination / response to ischemia / 糖新生 / nuclear receptor binding / circadian regulation of gene expression / response to insulin / regulation of circadian rhythm / kinase binding / histone deacetylase binding / 概日リズム / glucose homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / regulation of cell cycle / クロマチンリモデリング / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / DNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Period circadian protein homolog 3-like, PAS-A domain / Period circadian-like, C-terminal / Period protein 2/3C-terminal region / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase ...: / Period circadian protein homolog 3-like, PAS-A domain / Period circadian-like, C-terminal / Period protein 2/3C-terminal region / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / PAS fold-3 / PAS fold / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / PAS domain / PAS repeat profile. / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / PAS domain / PAS domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Period circadian protein homolog 2 / Cryptochrome-1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Schmalen, I. / Rajan Prabu, J. / Benda, C. / Wolf, E.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2014
タイトル: Interaction of Circadian Clock Proteins Cry1 and Per2 is Modulated by Zinc Binding and Disulfide Bond Formation.
著者: Schmalen, I. / Reischl, S. / Wallach, T. / Klemz, R. / Grudziecki, A. / Prabu, J.R. / Benda, C. / Kramer, A. / Wolf, E.
履歴
登録2014年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRYPTOCHROME-1
B: PERIOD CIRCADIAN PROTEIN HOMOLOG 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,1975
ポリマ－74,8142
非ポリマー3833
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7170 Å2
ΔGint-100.5 kcal/mol
Surface area24230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.736, 99.736, 178.632
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 CRYPTOCHROME-1 / クリプトクロム / CRYPTOCHROME1


分子量: 58497.980 Da / 分子数: 1 / 断片: PHOTOLYASE HOMOLOGY REGION (PHR), RESIDUES 1-496 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 解説: HIGH5 INSECT CELLS WERE INFECTED WITH BACULO VIRUS / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P97784
#2: タンパク質 PERIOD CIRCADIAN PROTEIN HOMOLOG 2 / PERIOD2 / MPER2 / CIRCADIAN CLOCK PROTEIN PERIOD 2


分子量: 16316.273 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1132-1252 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O54943

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非ポリマー , 4種, 178分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2 M MGCL2, 12-13% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9716
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9716 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→45.5 Å / Num. obs: 33988 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3.6 / 冗長度: 25.1 % / Biso Wilson estimate: 68.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 35
反射 シェル解像度: 2.45→45.5 Å / 冗長度: 26.3 % / Rmerge(I) obs: 1.05 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4K0R

4k0r


解像度: 2.45→45.496 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.45 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: CHAIN A RESIDUES 1-2 AND 233-240, CHAIN B RESIDUES 1215-1252 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2331 1695 5 %
Rwork0.186 --
obs0.1884 33913 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→45.496 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4570 0 21 175 4766
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094719
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1256421
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6811692
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079690
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005826
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.52210.2681390.22922642X-RAY DIFFRACTION100
2.5221-2.60350.27861380.22572620X-RAY DIFFRACTION100
2.6035-2.69650.28451390.23132640X-RAY DIFFRACTION100
2.6965-2.80450.29671400.23122632X-RAY DIFFRACTION100
2.8045-2.93210.25911390.2232662X-RAY DIFFRACTION100
2.9321-3.08670.281400.21592638X-RAY DIFFRACTION100
3.0867-3.280.25171380.21542663X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.53320.28071410.20392677X-RAY DIFFRACTION100
3.5332-3.88850.19081410.17282670X-RAY DIFFRACTION100
3.8885-4.45080.1981420.16072720X-RAY DIFFRACTION100
4.4508-5.60590.23411460.17452751X-RAY DIFFRACTION100
5.6059-45.50430.2231520.17742903X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7448-1.99022.79133.0726-0.72364.7958-0.07880.16660.1428-0.1719-0.4301-0.6843-0.31351.13170.33860.7352-0.1380.1040.49840.17590.4612-6.81481.6143-25.3233
22.7903-0.0997-0.49152.3933-0.64444.25950.1020.20620.0895-0.3238-0.2236-0.5129-0.40751.2350.00130.3846-0.08260.03920.53470.11160.4231-2.4993-4.3168-15.4485
31.9718-0.79010.55763.5969-0.73633.4739-0.34-0.00710.4431-0.42710.0310.0207-1.27451.19290.20061.1174-0.0995-0.12050.0490.14740.4753-16.082510.2614-19.8389
42.2455-0.09110.61762.4241-1.04964.77730.0501-0.37030.0325-0.41120.32810.6894-0.4203-1.5821-0.04350.42570.1114-0.16460.69280.20350.5294-37.0405-6.7716-16.2356
51.325-0.5439-0.89396.92590.92451.47630.2837-0.0891-0.0285-0.14840.2230.3930.54650.04220.12941.1803-0.044-0.1379-0.1534-0.06040.6593-23.8184-16.6474-31.1965
67.47894.29662.66225.34684.34594.1827-0.42330.4792-0.0445-0.80020.248-0.0178-0.49680.0008-0.06041.3457-0.4604-0.46060.54640.06270.7466-34.8575-22.1355-29.9835
73.71931.19911.7640.4040.65144.75360.13010.8106-0.0992-0.4515-0.21450.1684-0.04730.0333-0.20170.7884-0.3267-1.05371.2330.42750.6423-42.965-17.6011-33.0299
87.17861.47644.11656.51544.2234.20440.134-0.2928-0.1553-0.1741-0.05140.39830.2633-1.0237-0.06141.026-0.4852-0.31041.42050.24820.7409-47.9581-20.763-21.3002
94.0293-1.9065-1.37865.5549-0.05464.08630.0602-0.7394-0.72461.13790.47680.59620.3478-2.0188-0.62970.7334-0.3736-0.18241.09140.36260.489-39.0134-26.2113-2.6714
106.5858-3.423-0.95033.5356-0.15041.8236-0.206-0.0454-0.1135-0.0464-0.0912-0.6168-0.0152-0.2455-0.1573-0.08-0.04890.04711.01490.13330.4803-26.7003-16.59524.6841
119.08661.81710.01829.4605-1.43853.02720.0297-1.14520.22811.74430.550.0906-1.0007-2.8422-0.68020.84150.01390.04561.1570.13640.5153-26.3848-5.391810.0847
120.87911.80011.28124.49542.42091.9307-0.26-1.8072-0.19122.0501-0.87511.57030.571-0.64720.68550.80650.06150.23711.66270.10380.674-34.7204-7.36647.8235
135.42780.5517-4.25812.7438-0.49763.3392-0.03580.2959-0.2001-0.0772-0.16340.42410.0002-0.6666-0.15150.01480.12430.34011.9990.58220.8205-43.2201-8.84252.4935
146.3701-7.58886.06629.1672-7.22035.77980.1446-2.3788-0.672-0.03381.30691.9515-0.0911-4.4462-1.29690.65510.1731-0.19582.08980.1710.5675-51.2828-3.9213-9.5902
150.80360.69820.20120.86810.47910.43260.04580.0165-0.6257-0.40820.2116-0.32250.61860.18980.59031.19160.0487-0.29540.17880.16880.8644-18.9413-14.875-32.7366
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 3 THROUGH 69 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 70 THROUGH 149 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 150 THROUGH 283 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 284 THROUGH 495 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 1132 THROUGH 1141 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND (RESID 1142 THROUGH 1146 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 1147 THROUGH 1151 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 1152 THROUGH 1159 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 1160 THROUGH 1177 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 1178 THROUGH 1182 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 1183 THROUGH 1192 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 1193 THROUGH 1198 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESID 1199 THROUGH 1208 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESID 1209 THROUGH 1214 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND (RESID -12 THROUGH 0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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