PDB-4coo: Crystal structure of human cystathionine beta-synthase (delta516-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4coo

タイトル

Crystal structure of human cystathionine beta-synthase (delta516-525) at 2.0 angstrom resolution

要素

CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE

Cystathionine beta synthase

キーワード

LYASE (リアーゼ) / METHIONINE CYCLE /

METABOLIC PATHWAY (代謝経路) /

ALLOSTERIC REGULATION (アロステリック効果) /

SERINE METABOLISM (セリン)

機能・相同性

機能・相同性情報

Cysteine formation from homocysteine / homocysteine catabolic process / modified amino acid binding /

cystathionine beta-synthase / cysteine biosynthetic process via cystathionine / Metabolism of ingested SeMet, Sec, MeSec into H2Se / homocysteine metabolic process /

cystathionine beta-synthase activity /

carbon monoxide binding / hydrogen sulfide biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

McCorvie, T.J. / Kopec, J. / Vollamar, M. / Strain-Damerell, C. / Bushell, S. / Bradley, A. / Tallant, C. / Kiyani, W. / Froese, D.S. / Carpenter, E.S. ...

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Inter-Domain Communication of Human Cystathionine Beta Synthase: Structural Basis of S-Adenosyl-L-Methionine Activation.
著者: Mccorvie, T.J. / Kopec, J. / Hyung, S. / Fitzpatrick, F. / Feng, X. / Termine, D. / Strain-Damerell, C. / Vollmar, M. / Fleming, J. / Janz, J.M. / Bulawa, C. / Yue, W.W.

履歴

登録	2014年1月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月5日	Group: Database references
改定 1.2	2015年1月14日	Group: Database references
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4coo.cif.gz	403.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4coo.ent.gz	328.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4coo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/4coo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/4coo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4uuuC 1jbqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4l3v-2 4l27-1 4l27-2 4l28-1 4l3v-1 4l28-2 5mc3-d 5mc1-d 5mc5-d 6h2q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3) #140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (4)

登録構造単位

A: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE

B: CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE

ヘテロ分子

127 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.264, 116.193, 167.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE / Cystathionine beta synthase / BETA-THIONASE / SERINE SULFHYDRASE 分子量: 62132.949 Da / 分子数: 2 断片: CATALYTIC AND REGULATORY DOMAINS, RESIDUES 1-515,526-551 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: P35520, cystathionine beta-synthase

#1: タンパク質

CYSTATHIONINE BETA-SYNTHASE /

Cystathionine beta synthase / BETA-THIONASE / SERINE SULFHYDRASE

分子量: 62132.949 Da / 分子数: 2
断片: CATALYTIC AND REGULATORY DOMAINS, RESIDUES 1-515,526-551
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: P35520,

cystathionine beta-synthase

-
非ポリマー , 7種, 313分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸 / ピリドキサールリン酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル / ポリエチレングリコール分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	THE CONSTRUCT USED HERE CONTAINS A DELETION OF AMINO ACIDS 516-525

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.42 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 18% PEG8000, 0.1 M CACODYLATE, PH 6.6 0.2 M SODIUM ACETATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→48.89 Å / Num. obs: 93295 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XIA		データ削減
XIA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JBQ

1jbq

解像度: 2→95.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 7.023 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20068	4662	5 %	RANDOM
R_work	0.17381	-	-	-
obs	0.17517	88563	99.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.704 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→95.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7495	0	173	294	7962

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	7926
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7689
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.43	1.989	10773
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.804	3	17671
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.772	5	995
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.873	23.912	317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.092	15	1351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.87	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	8899
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.388	2.399	3959
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.386	2.396	3953
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.261	3.582	4944
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.873	2.698	3967
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	329	-
R_work	0.275	6445	-
obs	-	-	99.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3336	-1.1901	-2.5015	4.9443	0.1593	2.0107	-0.1214	-0.129	0.2128	0.512	0.3438	0.2731	-0.0219	0.011	-0.2224	0.213	0.0453	0.1149	0.1728	-0.0539	0.124	-6.5747	22.3016	-16.6075
2	1.7085	-0.3098	-0.3445	1.7494	0.1087	1.3271	0.0794	0.0048	0.1675	0.1381	-0.0043	0.0889	-0.2567	-0.0349	-0.0751	0.0713	0.0024	0.0363	0.0036	-0.0045	0.0396	2.0507	17.2694	-30.0989
3	2.5984	0.5496	-0.6723	1.1036	0.1867	3.571	-0.0124	0.0646	-0.4226	0.1635	-0.0009	0.2004	0.4096	-0.1636	0.0133	0.0661	-0.0167	0.0311	0.0104	-0.0046	0.1664	-5.3335	2.3445	-31.9338
4	2.0652	0.8248	-2.0664	2.0464	-1.3051	4.0385	-0.1181	0.0341	-0.1875	-0.1263	0.0026	-0.124	0.1426	0.2557	0.1155	0.1788	0.0191	0.0159	0.1269	-0.0389	0.0652	19.9128	-7.4538	-75.3584
5	4.42	2.2133	-1.1896	5.3212	-0.3491	3.4389	-0.0934	-0.0216	-0.3357	-0.0992	0.0807	-0.2076	0.3538	0.1865	0.0127	0.1894	0.0189	0.0387	0.064	-0.0165	0.0412	13.5843	-10.216	-66.1733
6	5.5803	-0.3743	1.4869	6.806	-2.4483	4.6041	0.3536	0.45	0.0738	-0.4475	-0.4022	0.9901	-0.4459	-0.665	0.0486	0.4613	0.141	-0.1582	0.4569	-0.0341	0.2837	-4.3613	24.4204	-76.4282
7	13.8709	3.6384	-6.7565	0.991	-1.752	3.3063	0.4918	0.7991	1.2026	0.0129	0.0862	0.367	-0.3322	-0.4519	-0.578	0.6385	0.3531	-0.1523	0.4202	-0.0548	0.2922	-12.7887	19.5126	-50.5188
8	0.9041	0.141	-0.3389	2.3976	0.5547	2.5023	0.156	0.2076	0.1565	-0.406	-0.1182	0.0092	-0.4847	-0.1396	-0.0378	0.1867	0.0796	0.0426	0.0795	0.0366	0.0367	7.4376	19.0352	-60.9485
9	2.1423	0.2204	-2.0114	1.1948	-1.6626	6.0151	-0.15	-0.198	-0.1659	0.1878	-0.017	-0.3163	0.335	0.384	0.167	0.1537	0.0692	-0.0908	0.1841	-0.0234	0.1642	25.1355	-2.314	-15.7523
10	5.7639	1.6864	-0.3521	4.8221	-1.6808	6.0683	0.0277	-0.2863	-0.1488	0.14	-0.1462	-0.7481	0.1024	0.517	0.1185	0.009	0.0169	-0.0282	0.1918	-0.0018	0.1311	29.5774	4.8737	-25.707

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	45 - 74
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	75 - 272
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	273 - 400
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	408 - 479
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	480 - 548
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	45 - 71
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	72 - 88
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	89 - 408
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	409 - 481
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	482 - 548

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)