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- PDB-4cj2: Crystal structure of HEWL in complex with affitin H4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cj2
タイトルCrystal structure of HEWL in complex with affitin H4
要素
  • AFFITIN H4
  • LYSOZYME C
キーワードHYDROLASE/DE NOVO PROTEIN / HYDROLASE-DE NOVO PROTEIN COMPLEX / GLYCOSIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA endonuclease activity / Lactose synthesis / 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium ...RNA endonuclease activity / Lactose synthesis / 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / DNA binding / extracellular space / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo-like domain superfamily / Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family ...DNA-binding 7kDa protein / 7kD DNA-binding domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo-like domain superfamily / Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / リゾチーム / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Lysozyme-like domain superfamily / Βバレル / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysozyme C / DNA-binding protein 7d
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS (好気性・好酸性)
GALLUS GALLUS (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Correa, A. / Pacheco, S. / Mechaly, A.E. / Obal, G. / Behar, G. / Mouratou, B. / Oppezzo, P. / Alzari, P.M. / Pecorari, F.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Potent and Specific Inhibition of Glycosidases by Small Artificial Binding Proteins (Affitins)
著者: Correa, A. / Pacheco, S. / Mechaly, A.E. / Obal, G. / Behar, G. / Mouratou, B. / Oppezzo, P. / Alzari, P.M. / Pecorari, F.
履歴
登録2013年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月28日Group: Database references
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSOZYME C
B: LYSOZYME C
C: AFFITIN H4
D: AFFITIN H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8066
ポリマ－50,6224
非ポリマー1842
水6,449358
1
B: LYSOZYME C
C: AFFITIN H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4033
ポリマ－25,3112
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-4.1 kcal/mol
Surface area9460 Å2
手法PISA
2
A: LYSOZYME C
D: AFFITIN H4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4033
ポリマ－25,3112
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-6.5 kcal/mol
Surface area9300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.889, 62.813, 87.099
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSLEULEUAA1 - 12919 - 147
21LYSLYSLEULEUBB1 - 12919 - 147
12VALVALARGARGCC2 - 6313 - 74
22VALVALARGARGDD2 - 6313 - 74

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 LYSOZYME C / LYSOZYME / GAL D 4 / 1 / 4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE C / ALLERGEN GAL D IV


分子量: 16257.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) GALLUS GALLUS (ニワトリ) / 組織: EGG WHITE卵白 / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム
#2: タンパク質 AFFITIN H4


分子量: 9053.286 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS (好気性・好酸性)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P13123*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.45 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / タイプ: ESRF / 波長: 0.97
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→43.05 Å / Num. obs: 62347 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GWD

1gwd


解像度: 1.5→43.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 2.413 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17811 3148 5.1 %RANDOM
Rwork0.13673 ---
obs0.13879 59169 96.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.116 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å20 Å2-0.33 Å2
2--1.23 Å20 Å2
3----1.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→43.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3001 0 12 358 3371
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.023076
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.022902
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8841.9224148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5393.0056616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6835376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.59523.557149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.94915529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1021528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1770.2434
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02766
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.73135978
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free36.0975118
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded17.8456155
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A74010.09
12B74010.09
21C34830.14
22D34830.14
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 223 -
Rwork0.208 4286 -
obs--94.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0081-0.0018-0.00330.00180.00160.00520.0002-0.0004-0.00080.00050-0.00020.0002-0.0001-0.00020.0009-0.00020.00060.00430.00010.006312.2418-15.27925.5979
20.0046-0.0057-0.00620.00750.00580.02010.00170.00110.0006-0.0018-0.0008-0.0008-0.0046-0.0027-0.00090.00180.00020.0010.005100.0065-3.07978.879516.9839
30.02630.0132-0.03620.0377-0.03180.1397-0.005-0.0008-0.00130.0016-0.0007-0.00280.0065-0.0020.00570.00150.00010.00050.0035-0.00040.0067-12.24330.7538-1.3303
40.0049-0.0141-0.0050.04120.01440.10120-0.0005-0.0003-0.00050.00010.0001-0.00010.0027-0.00010.0001-0.00020.00090.00440.00070.0066-0.1497-20.585843.0136
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 129
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 129
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 63
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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