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- PDB-4c59: Structure of GAK kinase in complex with nanobody (NbGAK_4) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c59
タイトルStructure of GAK kinase in complex with nanobody (NbGAK_4)
要素
  • Cyclin-G-associated kinaseGAK (protein)
  • NANOBODYナノボディ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / KINASE (キナーゼ) / CONFORMATIONAL PLASTICITY / ACTIVATION (活性化)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of clathrin coat assembly / Golgi to lysosome transport / synaptic vesicle uncoating / protein localization to Golgi apparatus / clathrin coat assembly / clathrin coat disassembly / clathrin-dependent endocytosis / endoplasmic reticulum organization / クラスリン / clathrin binding ...regulation of clathrin coat assembly / Golgi to lysosome transport / synaptic vesicle uncoating / protein localization to Golgi apparatus / clathrin coat assembly / clathrin coat disassembly / clathrin-dependent endocytosis / endoplasmic reticulum organization / クラスリン / clathrin binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Golgi organization / chaperone cofactor-dependent protein refolding / intracellular transport / cyclin binding / receptor-mediated endocytosis / protein localization to plasma membrane / presynapse / negative regulation of neuron projection development / Clathrin-mediated endocytosis / protein-folding chaperone binding / vesicle / non-specific serine/threonine protein kinase / 細胞周期 / リン酸化 / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / ATP binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain ...Tensin phosphatase, C2 domain / Tensin-type phosphatase domain / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Protein-tyrosine phosphatase-like / C2 domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / 抗体 / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FEF / Cyclin-G-associated kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
LAMA GLAMA (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Keates, T. / Allerston, C.K. / Gileadi, O. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S. / Muller-Knapp, S.
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2014
タイトル: Structure of cyclin G-associated kinase (GAK) trapped in different conformations using nanobodies.
著者: Chaikuad, A. / Keates, T. / Vincke, C. / Kaufholz, M. / Zenn, M. / Zimmermann, B. / Gutierrez, C. / Zhang, R.G. / Hatzos-Skintges, C. / Joachimiak, A. / Muyldermans, S. / Herberg, F.W. / Knapp, S. / Muller, S.
履歴
登録2013年9月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月9日Group: Database references
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / struct_biol / struct_ref / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.32019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-G-associated kinase
B: NANOBODY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6343
ポリマ－53,2692
非ポリマー3651
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-3.6 kcal/mol
Surface area22740 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)174.268, 37.753, 75.546
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-G-associated kinase / GAK (protein)


分子量: 38183.551 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 14-351 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GAK / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3
参照: UniProt: O14976, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 NANOBODY / ナノボディ


分子量: 15085.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) LAMA GLAMA (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-FEF / (2Z,3E)-2,3'-BIINDOLE-2',3(1H,1'H)-DIONE 3-{O-[(3R)-3,4-DIHYDROXYBUTYL]OXIME}


分子量: 365.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19N3O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SYNTHETIC, NON-BIOLOGICAL SEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 9% PEG 3350, 0.06 M MAGNESIUM FORMATE, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1.0121
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月11日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0121 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→19.75 Å / Num. obs: 11580 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3LL6 AND 1OP9

3ll6
PDB 未公開エントリ

1op9


解像度: 2.8→19.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 32.781 / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.394 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26163 549 4.7 %RANDOM
Rwork0.20238 ---
obs0.20516 11028 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.577 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.26 Å20 Å22.81 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3---1.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2957 0 27 63 3047
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0193065
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022892
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0481.9554155
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.653.0016634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1915391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.51124.015132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.16615512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.831519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2471
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02716
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2563.4671552
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2563.4671551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1455.1931935
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4293.651513
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 38 -
Rwork0.284 805 -
obs--99.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.60950.61212.61259.68671.2779.43810.01781.1998-0.14070.10160.30820.82060.4936-0.6995-0.3260.20450.08110.05440.96750.00930.272317.522522.6278-63.1537
27.15990.008-0.51191.0963-0.49341.59620.07391.0909-0.1634-0.2974-0.0853-0.01960.0746-0.13060.01140.17640.0434-0.00520.26230.04650.099525.508823.3375-49.438
36.08270.714-2.00133.0148-0.90166.535-0.14990.3474-0.41140.0022-0.0902-0.20680.57540.17780.240.08150.0262-0.02820.06740.00680.159840.163117.5156-36.1982
44.22982.6604-0.66715.80241.76172.56610.2774-0.34490.4330.3068-0.10310.1409-0.23940.2496-0.17430.0965-0.0497-0.00940.0457-0.03570.131947.284331.2258-16.5329
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A27 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2A56 - 200
3X-RAY DIFFRACTION3A201 - 333
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 128

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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