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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bxt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the human metapneumovirus phosphoprotein tetramerization domain | ||||||
要素 | PHOSPHOPROTEIN P | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / TETRAMERIC PARALLEL COILED COIL | ||||||
機能・相同性 | Phosphoprotein, pneumoviral / Pneumovirus phosphoprotein / RNA-dependent RNA polymerase activity / Phosphoprotein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | HUMAN METAPNEUMOVIRUS (ヒトメタニューモウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.13 Å | ||||||
データ登録者 | Leyrat, C. / Renner, M. / Harlos, K. / Grimes, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: Solution and Crystallographic Structures of the Central Region of the Phosphoprotein from Human Metapneumovirus 著者: Leyrat, C. / Renner, M. / Harlos, K. / Grimes, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4bxt.cif.gz | 52.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4bxt.ent.gz | 38.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4bxt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/4bxt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/4bxt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.941234, 0.205036, -0.2684), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8773.052 Da / 分子数: 8 / 断片: TETRAMERIZATION DOMAIN, RESIDUES 158-237 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) HUMAN METAPNEUMOVIRUS (ヒトメタニューモウイルス) 株: SEROTYPE A1 (NL/1/00) / プラスミド: POPINF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA2 / 参照: UniProt: Q91KZ5 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.7 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 25 % PEG 3350, 100 MM HEPES PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.92001 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月22日 |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92001 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.13→66.91 Å / Num. obs: 3602 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 77.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.35 / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 シェル | 解像度: 3.13→3.21 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 1.35 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 57.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: SAXS-FILTERED ROSETTA FOLD-AND-DOCK AB INITIO MODEL 解像度: 3.13→46.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8587 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7759 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.542
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原子変位パラメータ | Biso mean: 53.43 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.706 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.13→46.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.13→3.5 Å / Total num. of bins used: 5
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精密化 TLS | S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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