PDB-4bwr: Crystal structure of c5321: a protective antigen present in uropa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bwr

タイトル

Crystal structure of c5321: a protective antigen present in uropathogenic Escherichia coli strains displaying an SLR fold

要素

PROTEIN CORRESPONDING TO LOCUS C5321 FROM CFT073 E.COLI STRAIN

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / SEL1-LIKE REPEAT / SUPER-HELICAL FOLD

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of neutrophil activation / IgA binding / negative regulation of immune response /

: /

細胞膜 /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Urosev, D. / Ferrer-Navarro, M. / Pastorello, I. / Cartocci, E. / Costenaro, L. / Zhulenkovs, D. / Marechal, J.-D. / Leonchiks, A. / Reverter, D. / Serino, L. ...

引用

ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystal Structure of C5321: A Protective Antigen Present in Uropathogenic Escherichia Coli Strains Displaying an Slr Fold.
著者: Urosev, D. / Ferrer-Navarro, M. / Pastorello, I. / Cartocci, E. / Costenaro, L. / Zhulenkovs, D. / Marechal, J. / Leonchiks, A. / Reverter, D. / Serino, L. / Soriani, M. / Daura, X.

履歴

登録	2013年7月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2013年7月24日	ID: 2XM6
改定 1.0	2013年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年10月23日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bwr.cif.gz	118.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bwr.ent.gz	98.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bwr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/4bwr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/4bwr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5ik8-d 6fy3-d 5ik7-d 3koy-4 1p7k-d 6wgb-d 4aoj-d 3kp0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PROTEIN CORRESPONDING TO LOCUS C5321 FROM CFT073 E.COLI STRAIN

ヘテロ分子

54.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.940, 58.520, 88.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.82, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	PROTEIN CORRESPONDING TO LOCUS C5321 FROM CFT073 E.COLI STRAIN 分子量: 53007.336 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 24-490 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PROTEIN CONTAINING SEL1-LIKE REPEATS / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: CFT073 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI B (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q8FAG2, UniProt: A0A0H2VDN9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 466 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.8 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 詳細: 20% PEG3350, 100 MM TRIS-HCL PH 8.5, AND 200 MM MGCL2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9791 , 0.9794

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月20日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR

放射

モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9791	1
2	0.9794	1

反射

解像度: 1.74→37.91 Å / Num. obs: 49642 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 17.06 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12

反射シェル

解像度: 1.74→1.83 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.74→36.891 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.13 / 位相誤差: 17.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1919	4928	5.1 %
R_work	0.1551	-	-
obs	0.1569	49623	99.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→36.891 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3706	0	119	466	4291

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4071
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.884	5462
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.463	1554
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	536
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	721

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.7598	0.2542	165	0.2541	3059	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7598-1.7805	0.2818	166	0.2279	2987	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7805-1.8022	0.256	165	0.2195	3065	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8022-1.825	0.2312	175	0.2244	3103	X-RAY DIFFRACTION	99
1.825-1.849	0.2585	140	0.2129	3038	X-RAY DIFFRACTION	99
1.849-1.8744	0.2817	149	0.2137	3122	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8744-1.9011	0.2305	186	0.2033	3042	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9011-1.9295	0.2138	186	0.1998	3005	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9295-1.9597	0.2281	181	0.1838	3161	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9597-1.9918	0.217	171	0.1763	2961	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9918-2.0261	0.2124	160	0.1672	3090	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0261-2.063	0.2169	173	0.1572	3046	X-RAY DIFFRACTION	99
2.063-2.1026	0.2235	159	0.1463	3042	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1026-2.1456	0.1784	147	0.1384	3132	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1456-2.1922	0.1961	185	0.1397	3085	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1922-2.2432	0.206	171	0.1384	3089	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2432-2.2993	0.1636	154	0.1311	3053	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2993-2.3614	0.1903	127	0.1318	3102	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3614-2.4309	0.1832	164	0.1328	3080	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4309-2.5094	0.1816	182	0.1332	3020	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5094-2.599	0.2064	167	0.1367	3112	X-RAY DIFFRACTION	100
2.599-2.7031	0.1954	166	0.1331	3072	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7031-2.826	0.1689	175	0.1394	3086	X-RAY DIFFRACTION	100
2.826-2.975	0.2094	185	0.1501	3000	X-RAY DIFFRACTION	99
2.975-3.1613	0.1835	135	0.1462	3134	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1613-3.4052	0.1708	166	0.1431	3099	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4052-3.7476	0.1697	134	0.143	3061	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7476-4.2892	0.1487	179	0.1349	3041	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2892-5.4012	0.1651	194	0.1524	3017	X-RAY DIFFRACTION	98
5.4012-36.8992	0.2065	121	0.1931	3106	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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