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- PDB-4bq8: Crystal structure of the RGMB-NEO1 complex form 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4bq8
タイトルCrystal structure of the RGMB-NEO1 complex form 3
要素
  • (RGM DOMAIN FAMILY MEMBER B) x 2
  • NEOGENINNEO1
キーワードCELL ADHESION (細胞接着)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of axon regeneration / Netrin-1 signaling / co-receptor binding / BMP receptor binding / regulation of axon regeneration / myoblast fusion / plasma membrane protein complex / positive regulation of BMP signaling pathway / intracellular vesicle / protein secretion ...negative regulation of axon regeneration / Netrin-1 signaling / co-receptor binding / BMP receptor binding / regulation of axon regeneration / myoblast fusion / plasma membrane protein complex / positive regulation of BMP signaling pathway / intracellular vesicle / protein secretion / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / negative regulation of protein secretion / BMP signaling pathway / coreceptor activity / side of membrane / axonal growth cone / 軸索誘導 / neuron migration / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / 細胞接着 / signaling receptor activity / 成長円錐 / intracellular iron ion homeostasis / 細胞接着 / cadherin binding / 脂質ラフト / neuronal cell body / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / ゴルジ体 / 細胞膜 / シグナル伝達 / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Repulsive guidance molecule, C-terminal / Repulsive guidance molecule, N-terminal / Repulsive guidance molecule / Repulsive guidance molecule (RGM) C-terminus / Repulsive guidance molecule (RGM) N-terminus / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Protein Transport Mog1p; Chain A / Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / 免疫グロブリンフォールド ...Repulsive guidance molecule, C-terminal / Repulsive guidance molecule, N-terminal / Repulsive guidance molecule / Repulsive guidance molecule (RGM) C-terminus / Repulsive guidance molecule (RGM) N-terminus / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Protein Transport Mog1p; Chain A / Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / 免疫グロブリンフォールド / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neogenin / Repulsive guidance molecule B
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bell, C.H. / Healey, E. / van Erp, S. / Bishop, B. / Tang, C. / Gilbert, R.J.C. / Aricescu, A.R. / Pasterkamp, R.J. / Siebold, C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Structure of the Repulsive Guidance Molecule (Rgm)-Neogenin Signaling Hub
著者: Bell, C.H. / Healey, E. / Van Erp, S. / Bishop, B. / Tang, C. / Gilbert, R.J.C. / Aricescu, A.R. / Pasterkamp, R.J. / Siebold, C.
履歴
登録2013年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22013年7月17日Group: Database references
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEOGENIN
B: RGM DOMAIN FAMILY MEMBER B
C: RGM DOMAIN FAMILY MEMBER B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5624
ポリマ－65,3403
非ポリマー2211
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-19.8 kcal/mol
Surface area17990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.920, 116.920, 91.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 NEOGENIN / NEO1


分子量: 24076.307 Da / 分子数: 1 / 断片: FN-TYPE III DOMAINS 5 AND 6, RESIDUES 883-1083 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-LINKED GLYCOSYLATION AT N940 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P97798
#2: タンパク質 RGM DOMAIN FAMILY MEMBER B / REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE B / DRG11-RESPONSIVE AXONAL GUIDANCE AND OUTGROWTH OF NEURITE / DRAGON


分子量: 13318.698 Da / 分子数: 1 / 断片: ECTODOMAIN, RESIDUES 50-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q6NW40
#3: タンパク質 RGM DOMAIN FAMILY MEMBER B / REPULSIVE GUIDANCE MOLECULE B / DRG11-RESPONSIVE AXONAL GUIDANCE AND OUTGROWTH OF NEURITE / DRAGON


分子量: 27945.352 Da / 分子数: 1 / 断片: ECTODOMAIN, RESIDUES 169-410 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q6NW40
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE (NAG): N-LINKED GLYCOSYLATION OF NEO1 ASN940

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.5
詳細: 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.6, 0.18 M POTASSIUM ACETATE, 18 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9686
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6D / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→82.68 Å / Num. obs: 16184 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 91.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9345 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9363 / SU R Cruickshank DPI: 0.414 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.419 / SU Rfree Blow DPI: 0.235 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.237
詳細: THERE IS AN AUTOCATALYTIC CLEAVAGE SITE PRESENT IN RGMB (CHAIN B/C), WHICH IS LOCATED BETWEEN RESIDUES ASP168 AND PRO169.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1993 813 5.02 %RANDOM
Rwork0.1834 ---
obs0.1842 16180 99.83 %-
原子変位パラメータBiso mean: 76.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.6273 Å20 Å20 Å2
2--7.6273 Å20 Å2
3----15.2546 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.377 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2895 0 14 15 2924
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012978HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.244053HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d996SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes66HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes427HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2978HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.21
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.42
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion409SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3293SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.99 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2651 160 5.61 %
Rwork0.2162 2694 -
all0.219 2854 -
obs--99.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5871-0.5229-0.30343.4195-1.75252.30660.03810.74550.345-0.31040.47050.7093-0.4197-0.4726-0.5086-0.0609-0.0408-0.05350.10230.4-0.050430.27615.6157-18.8792
23.0369-0.03190.1262.1666-1.45552.90.0256-0.1873-0.07160.16150.0875-0.0519-0.16910.1584-0.1131-0.07910.02110.0074-0.08060.0665-0.030542.2074-4.694416.3531
33.01420.69160.50191.3508-1.26834.73420.08150.46540.1162-0.18610.21080.26950.1626-0.4417-0.2923-0.1304-0.02240.0273-0.12820.1483-0.034221.3796-6.21667.2608
40.49961.1261-2.85110-1.885100.00770.00840.01260.16980.00080.2826-0.23040.1071-0.00850.0501-0.01110.1359-0.02310.1260.032513.9359-7.777532.0819
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|885 - A|984 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|985 - A|1085 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|138 - C|315 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ C|316 - C|334 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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