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- PDB-4bh0: H5 (tyTy) Influenza Virus Haemagglutinin in Complex with Human Re... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4bh0 | |||||||||
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Title | H5 (tyTy) Influenza Virus Haemagglutinin in Complex with Human Receptor Analogue 6'-SLN | |||||||||
![]() | (HEMAGGLUTININ![]() | |||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Xiong, X. / Coombs, P.J. / Martin, S.R. / Liu, J. / Xiao, H. / McCauley, J.W. / Locher, K. / Walker, P.A. / Collins, P.J. / Kawaoka, Y. ...Xiong, X. / Coombs, P.J. / Martin, S.R. / Liu, J. / Xiao, H. / McCauley, J.W. / Locher, K. / Walker, P.A. / Collins, P.J. / Kawaoka, Y. / Skehel, J.J. / Gamblin, S.J. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Receptor Binding by a Ferret-Transmissible H5 Avian Influenza Virus Authors: Xiong, X. / Coombs, P.J. / R Martin, S. / Liu, J. / Xiao, H. / Mccauley, J.W. / Locher, K. / Walker, P.A. / Collins, P.J. / Kawaoka, Y. / Skehel, J.J. / Gamblin, S.J. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 580.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 487.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4bgwC ![]() 4bgxC ![]() 4bgyC ![]() 4bgzC ![]() 4bh1C ![]() 4bh2C ![]() 4bh3C ![]() 4bh4C C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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Components
-Protein , 2 types, 6 molecules ACEBDF
#1: Protein | ![]() Mass: 36978.715 Da / Num. of mol.: 3 Fragment: HA1 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 17-338 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | ![]() Mass: 19126.004 Da / Num. of mol.: 3 Fragment: HA2 OF TRYPSIN RELEASED ECTODOMAIN, RESIDUES 347-512 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-Sugars , 3 types, 6 molecules ![](data/chem/img/NAG.gif)
#3: Polysaccharide | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)-beta-D-galactopyranose![]() Source method: isolated from a genetically manipulated source | ||
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#4: Polysaccharide | #5: Sugar | ![]() |
-Non-polymers , 2 types, 717 molecules ![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: Chemical | ChemComp-PO4 / ![]() #7: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Details
Sequence details | MULTIBASIC |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.11 Å3/Da / Density % sol: 60.46 % / Description: NONE |
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Crystal grow![]() | Details: BIS-TRIS PROPANE PH 7.5, 0.05 - 0.15 M K/NAPO4 (PH 7.0), 15-18% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 10, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.36→56.55 Å / Num. obs: 81446 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.36→2.49 Å / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92.6 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 61.609 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.36→56.61 Å
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Refine LS restraints |
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