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- PDB-4ber: Crystal structure of the Legionella pneumophila FIC domain-contai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ber
タイトルCrystal structure of the Legionella pneumophila FIC domain-containing effector AnkX protein in complex with cytidine monophosphate
要素PHOSPHOCHOLINE TRANSFERASE ANKX
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / TYPE IV SECRETION SYSTEM EFFECTOR (分泌)
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphocholine transferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / regulation of GTPase activity / host cell cytoplasm / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat ...Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Αソレノイド / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / リン酸塩 / Phosphocholine transferase AnkX
類似検索 - 構成要素
生物種LEGIONELLA PNEUMOPHILA (レジオネラ・ニューモフィラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Campanacci, V. / Mukherjee, S. / Roy, C.R. / Cherfils, J.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2013
タイトル: Structure of the Legionella Effector Ankx Reveals the Mechanism of Phosphocholine Transfer by the Fic Domain.
著者: Campanacci, V. / Mukherjee, S. / Roy, C.R. / Cherfils, J.
履歴
登録2013年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月29日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOCHOLINE TRANSFERASE ANKX
B: PHOSPHOCHOLINE TRANSFERASE ANKX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,8989
ポリマ－109,7792
非ポリマー1,1187
水1,31573
1
A: PHOSPHOCHOLINE TRANSFERASE ANKX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4955
ポリマ－54,8901
非ポリマー6054
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PHOSPHOCHOLINE TRANSFERASE ANKX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4034
ポリマ－54,8901
非ポリマー5133
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.330, 103.560, 224.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

-
要素

#1: タンパク質 PHOSPHOCHOLINE TRANSFERASE ANKX / PC TRANSFERASE / ANKYRIN REPEAT-CONTAINING PROTEIN X


分子量: 54889.660 Da / 分子数: 2 / 断片: FIC AND ANKYRIN REPEATS DOMAINS, RESIDUES 2-484 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LEGIONELLA PNEUMOPHILA (レジオネラ・ニューモフィラ)
株: PHILADELPHIA 1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): ROSETTA PLYSS
参照: UniProt: Q5ZXN6, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 化合物 ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP / シチジル酸


分子量: 323.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O8P
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 15% PEG 20000, 0.1 M TRIS PH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月2日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→46.28 Å / Num. obs: 42690 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 62.69 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 16.16
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 1.01 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BEP

4bep


解像度: 2.6→46.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9145 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU R Cruickshank DPI: 0.434 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.424 / SU Rfree Blow DPI: 0.259 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.264
詳細: IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2392 2135 5 %RANDOM
Rwork0.2056 ---
obs0.2072 42690 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 66.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.6577 Å20 Å20 Å2
2--15.291 Å20 Å2
3---1.3667 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.405 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7578 0 68 73 7719
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017850HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1810633HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2772SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes216HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1120HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7850HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.58
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion992SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8968SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2704 155 5.01 %
Rwork0.2397 2941 -
all0.2413 3096 -
obs--99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0649-0.4997-0.00123.13360.55032.1735-0.0711-0.3395-0.02750.31420.1311-0.73380.00940.4401-0.0599-0.2390.0352-0.0635-0.1365-0.00040.004725.046450.184935.3732
21.7586-0.81680.19833.58111.0422.3441-0.0401-0.2379-0.29030.2892-0.04880.05410.0815-0.14530.089-0.11030.01430.0229-0.06210.0186-0.044810.891647.414835.8588
30.28020.4988-0.74986.2182.46342.06870.08950.26480.0917-0.5883-0.14130.0796-0.135-0.21390.0519-0.05170.046-0.0287-0.1268-0.0537-0.112910.591233.196712.6934
41.5216-0.70470.04563.2972-0.32941.4132-0.1091-0.1485-0.16820.39230.12530.6607-0.1714-0.342-0.0162-0.01380.08480.0892-0.15150.0324-0.1632-10.866289.00625.0206
50.8648-0.4028-0.2523.3761-0.5211.8133-0.0863-0.36010.06350.8910.0127-0.1077-0.34160.11060.07360.30040.07580.0235-0.09550.0067-0.25770.791192.221333.7162
60.76371.35540.7175.7027-0.23231.27680.0403-0.0622-0.07230.097-0.0145-0.36090.17590.1173-0.0259-0.02540.03170.0071-0.1229-0.0122-0.164112.2172107.39213.625
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - 220 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|221 - 351 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|352 - 477 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|1 - 220 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ B|221 - 351 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|352 - 479 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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