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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4b62 | ||||||
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タイトル | The structure of the cell wall anchor of the T6SS from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
要素 | TSSL1 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å | ||||||
データ登録者 | Robb, C.S. / Carlson, M. / Nano, F.E. / Boraston, A.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of the Periplasmic Peptidoglycan Binding Anchor of a T6Ss from Pseudomonas Aeruginosa. 著者: Robb, C.S. / Carlson, M. / Nano, F.E. / Boraston, A.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4b62.cif.gz | 77.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4b62.ent.gz | 57.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4b62.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/4b62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/4b62 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3khnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17076.113 Da / 分子数: 1 / 断片: PEPTIDOGLYCAN BINDING MODULE, RESIDUES 299-449 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA PAO1 (緑膿菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I754 |
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.9 / 詳細: SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE PH 6.9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年11月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→21.83 Å / Num. obs: 22823 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.52 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 95.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3KHN 解像度: 1.45→21.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / SU B: 1.801 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.75 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→21.84 Å
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拘束条件 |
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