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- PDB-4b2r: Solution structure of CCP modules 10-11 of complement factor H -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4b2r
タイトルSolution structure of CCP modules 10-11 of complement factor H
要素COMPLEMENT FACTOR HFactor H
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / SHORT CONSENSUS REPEAT
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of complement activation, alternative pathway / symbiont cell surface / complement component C3b binding / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / heparan sulfate proteoglycan binding / serine-type endopeptidase complex / complement activation, alternative pathway / 補体 / Regulation of Complement cascade ...regulation of complement activation, alternative pathway / symbiont cell surface / complement component C3b binding / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / heparan sulfate proteoglycan binding / serine-type endopeptidase complex / complement activation, alternative pathway / 補体 / Regulation of Complement cascade / heparin binding / blood microparticle / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / リボン / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement factor H
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Makou, E. / Mertens, H.D.T. / Maciejewski, M. / Soares, D.C. / Matis, I. / Schmidt, C.Q. / Herbert, A.P. / Svergun, D.I. / Barlow, P.N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Solution Structure of Ccp Modules 10-12 Illuminates Functional Architecture of the Complement Regulator, Factor H.
著者: Makou, E. / Mertens, H.D.T. / Maciejewski, M. / Soares, D.C. / Matis, I. / Schmidt, C.Q. / Herbert, A.P. / Svergun, D.I. / Barlow, P.N.
履歴
登録2012年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月17日Group: Atomic model
改定 1.22012年11月28日Group: Database references
改定 1.32016年11月30日Group: Atomic model / Derived calculations / Other
改定 2.02019年9月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status ...atom_site / pdbx_database_status / pdbx_nmr_representative / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_mon_prot_cis
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_representative.conformer_id / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.dist / _pdbx_validate_planes.PDB_model_num / _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_model_num / _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COMPLEMENT FACTOR H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1861
ポリマ－14,1861
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 COMPLEMENT FACTOR H / Factor H / H FACTOR 1


分子量: 14186.266 Da / 分子数: 1 / 断片: CCPS 10-11, RESIDUES 566-687 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PPICZAB / 発現宿主: KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: P08603

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111CBCANH
121CBCA(CO)NH
131HN(CA)CO
141HNCO
151HBHA(CO)NH
2611H-15N HSQC
371CC(CO)NH
381H(CCO)NH
391(H)CCH-TOCSY
31011H-13C HSQC
41111H-15N NOESY
4121AROMATIC 13C HSQC
4131(HB)CB(CGCD)HD
4141(HB)CB(CGCDCE)HE
41511H-13C NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED FH10-11

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
190% H2O/10% D2O
290% H2O/10% D2O 90% H2O/10% D2O
390% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.02 6.7 1.0 atm298.0 K
20.02 6.7 1.0 atm298.0 K
30.02 6.7 1.0 atm298.0 K
40.02 6.7 1.0 atm298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
CNS1.2構造決定
PROCHECK / PROCHECK-NMR3.4.3構造決定
TopSpin1.3構造決定
MOLMOL2構造決定
Azara2構造決定
CcpNmr Analysis2構造決定
CcpNmr Analysis2.1構造決定
CcpNmr Analysis2.2構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE WAS REFINED IN EXPLICIT WATER IN CNS. REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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